Địa hình:

Đông Nam Bộ nằm trên vùng đồng bằng và bình nguyên rộng, chuyển tiếp từ cao nguyên Nam Trung Bộ đến Đồng bằng sông Cửu Long. Độ cao địa hình thay đổi từ 200 đến 200 mét, rải rác có một vài ngọn núi trẻ. Nhìn chung địa hình của vùng tạo thuận lợi cho phát triển nông nghiệp, phát triển công nghiệp và đô thị, xây dựng hệ thống giao thông vận tải,...

Khí hậu:

Nằm trong miền khí hậu phía Nam, Đông Nam Bộ có đặc điểm của vùng khí hậu cận xích đạo với nền nhiệt độ cao và hầu như không thay đổi trong năm. Đặc biệt có sự phân hoá sâu sắc theo mùa, phù hợp với hoạt động của gió mùa. Lượng mưa dồi dào trung bình hàng năm khoảng 1.500 – 2.000 mm. Khí hậu của vùng tương đối điều hoà, ít có thiên tai. Tuy nhiên về mùa khô, lượng mưa thấp gây khó khăn cho sản xuất và sinh hoạt.
Đất đai:

Đất nông nghiệp là một thế mạnh của vùng. Trong tổng quỹ đất có 27,1% đang ược sử dụng vào mục đích nông nghiệp. Có 12 nhóm đất với 3 nhóm đất rất quan trọng là Đất nâu đỏ trên nền bazan, đất nâu vàng trên nền bazan, đất xám trên nền phù sa cổ. Ba nhóm đất này có diện tích lớn và chất lượng tốt thuận lợi cho nhiều loại cây trồng phát triển như cao su, cà phê, điều, lạc, mía, đỗ tương và cây lương thực. Đất chưa sử dụng chiếm 22,7% diện tích đất tự nhiên (so với cả nước là 42,98%). Tỷ lệ đất sử dụng trong nông nghiệp, lâm nghiệp, đất chuyên dùng và đất thổ cư khá cao so với mức trung bình của đất nước.

Tài nguyên rừng:

- Diện tích rừng của Đông Nam Bộ không lớn, còn khoảng 532.200 ha chiếm 2,8% diện tích rừng cả nước và phân bố không đều ở các tỉnh. Rừng trồng tập trung ở Bình Dương, Bình Phước với 15,2 nghìn ha; Bà Rịa - Vũng Tàu 14,3 nghìn ha.

- Rừng Đông Nam Bộ có ý nghĩa quan trọng trong việc cung cấp gỗ dân dụng, phòng hộ cho cây công nghiệp, giữ nước, cân bằng sinh thái cho toàn vùng. Đặc biệt rừng quốc gia Cát Tiên là một cơ sở cho nghiên cứu lâm sinh và thắng cảnh.

Tài nguyên khoáng sản:

- Dầu khí có trữ lượng dự báo là 4-5 tỷ tấn dầu và 485 - 500 tỷ m3 khí có ý nghĩa quan trọng đối với nền kinh tế vùng và kinh tế quốc dân. Quặng bôxit trữ lượng khoảng 420 triệu tấn phân bố ở Bình Phước, Bình Dương.

- Các khoáng sản khác như đá ốp lát (chiếm 27% giá trị khoáng sản trên đất liền) phân bố ở Tánh Linh (Bình Thuận), Phú Túc (Đồng Nai), cao lanh trữ lượng xấp xỉ 130 triệu tấn phân bố ở Bình Dương, Bình Phước; mỏ cát thuỷ tinh phân bố ở Bình Châu (Bà Rịa - Vũng Tàu) cung cấp nguyên liệu cho nhà máy thuỷ tinh Biên Hoà và cho xuất khẩu...

Tài nguyên nước:

- Nguồn nước mặt đa dạng, đáng kể là hệ thống sông Đồng Nai là 1 trong 3 con sông lớn của Việt Nam. Lượng nước mưa trung bình 1.500 - 2.000 mm tương ứng với 183 tỷ m3. Ngoài ra còn có một số hồ ở phía Đông, tổng dung tích khoảng 300 triệu m3. Với lượng nước mặt này đủ cung cấp nước cho vùng bao gồm cả cho phát triển công nghiệp.

- Nguồn nước ngầm có trữ lượng khá lớn, nhưng mực nước sâu từ 50 - 200 mét phân bố chủ yếu khu vực Biên Hoà- Long An, thành phố Hồ Chí Minh.

Tài nguyên biển:

- Bờ biển dài 350 km với vùng biển Ninh Thuận- Bà Rịa Vũng Tầu là một trong bốn ngư trường trọng điểm của nước ta với trữ lượng cá khoảng 290-704 nghìn tấn chiếm 40% trữ lượng cá của vùng biển phía Nam. Diện tích có khả năng nuôi trồng thuỷ sản là khoảng 11,7 nghìn ha.

- Thiên nhiên ưu đãi cho Đông Nam Bộ bãi biển Vũng Tàu, Long Hải phát triển ngành du lịch trong vùng.