Ngày 16/6/1994, Việt Nam và Nga đã ký Hiệp ước về những nguyên tắc cơ bản của quan hệ hữu nghị. Tháng 3/2001, Việt Nam và LB Nga đã xác lập mối quan hệ song phương lên tầm đối tác chiến lược nhân chuyến thăm Việt Nam của Tổng thống Vladimir Putin. LB Nga là nước đầu tiên Việt Nam thiết lập quan hệ đối tác chiến lược.[11]

Tháng 8 năm 1998 Chủ tịch nước Trần Đức Lương đã thăm chính thức Liên bang Nga. Hai bên đã khẳng định sự mong muốn phát triển quan hệ song phương và đã ký Tuyên bố chung Nga-Việt.

Tổng thống Vladimir Putin và chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết năm 2006

Tháng 9 năm 2000 Thủ tướng Phan Văn Khải đã thăm chính thức Nga, ký các hiệp định liên Chính phủ về giải quyết nợ của Việt Nam vay trước đây trước Nga, về hợp tác liên khu vực, v.v... Năm 2000, chính phủ Nga quyết định xóa 85% khoản nợ trị giá 11 tỷ USD mà Việt Nam còn nợ Liên Xô. 15% còn lại (1,65 tỷ USD) được Nga ưu đãi, cho chi trả dần trong 23 năm, dưới hình thức các khoản đầu tư. [12]

Từ 28 tháng 2 đến 2 tháng 3 năm 2001 đã diễn ra chuyến thăm chính thức Hà Nội của Tổng thống Liên bang Nga Vladimir Putin. Đã ký Tuyên bố chung về quan hệ đối tác chiến lược, nghị định thư liên chính phủ về việc rà soát cơ sở điều ước-pháp lý và hiệu lực các hiệp ước và hiệp định song phương, và các văn kiện ngành khác.

Từ 26 đến 28 tháng 3 năm 2002 Chủ tịch Chính phủ Liên bang Nga M. M. Kasiyanov thăm chính thức Hà Nội, hội đàm với Thủ tướng Phan Văn Khải và Tổng Bí thư Nông Đức Mạnh.[13]

Hai nước duy trì cơ chế Ủy ban liên Chính phủ về hợp tác kinh tế - thương mại và khoa học - kỹ thuật đồng thời thành lập Hội đồng Doanh nghiệp Việt Nam – Liên Bang Nga nhằm trao đổi biện pháp tăng cường hợp tác và hỗ trợ xúc tiến thương mại, đầu tư cho doanh nghiệp hai nước.

Năm 2007, Việt Nam và Nga đã công nhận lẫn nhau có nền kinh tế thị trường, tạo thêm điều kiện cho doanh nghiệp của nhau thâm nhập thị trường. Gần 5% con số chính thức người Việt tại Nga là sinh viên theo học bằng học bổng của chính phủ Nga.[14]

Thương mại song phương hai nước đã đạt tới 550 triệu USD vào năm 2001; Nga xuất khẩu sang Việt Nam máy móc và thép; trong khi Việt Nam xuất khẩu sang Nga lúa gạo và vải vóc. Hai nước cũng giữ vững mối quan hệ trong lĩnh vực năng lượng với việc liên doanh Vietsovpetro khai thác dầu thô tại mỏ Bạch Hổ.[15]