Phần lớn động vật bò sát sinh sản hữu tính. Gần như tất cả các bò sát đực, ngoại trừ rùa, có một ống kép giống như cơ quan sinh dục gọi là bán dương vật (hemipenes). Các loài rùa đực có một dương vật. Tất cả các loài rùa đều đẻ trứng, không giống như một số loài thằn lằn và rắn có khả năng sinh ra con non. Hoạt động sinh sản diễn ra thông qua một lỗ huyệt (cloaca), lối ra/vào duy nhất ở gốc đuôi, tại đó sự bài tiết chất thải cũng như sinh sản diễn ra.