Trước thực trạng trên, TS. Đào Trọng Tứ, Trung tâm Phát triển bảo vệ tài nguyên nước cho rằng, cần trì hoãn quyết định đầu tư của các công ty Việt Nam vào các thủy điện trên dòng chính sông Mê Kông (như Luan Prabang, Stungtreng), tạo sự đồng thuận các nước khu vực trong việc giải quyết các vấn đề xuyên biên giới, đưa vấn đề sông Mê Kông vào các diễn đàn khu vực và quốc tế, khuyến khích sự hợp tác đa cấp, đa chiều của các tổ chức nghiên cứu, khoa học công nghệ, dân sự Việt Nam với các tổ chức khác trong vùng liên quan tới vấn đề Mê Kông. Còn theo kiến nghị của chuyên gia quản lý tài nguyên nước Nguyễn Hồng Toàn, Việt Nam nên xem xét về vị trí các tiểu lưu vực sông của mình để có bước đi phù hợp trong duy trì và thúc đẩy hợp tác Mê Kông, quản lý nước tổng hợp đòi hỏi phải có một tổ chức hay cơ chế liên ngành, cơ chế này hoặc tổ chức lưu vực sông nên được xem xét thành lập sớm nhất theo Luật Tài nguyên nước 2012. Đồng thời, nước ta cần tuân thủ Hiệp định Mê Kông và các thủ tục dưới Hiệp định và là đầu tàu trong hợp tác Mê Kông để tận dụng cơ hội phát triển và giảm thiểu tác động của phát triển thượng lưu.

Trong Chiến lược Quốc gia về tài nguyên nước đến năm 2020 cũng đã xác định công việc cụ thể là cần hoàn thiện chính sách bảo vệ tài nguyên nước, tăng cường chống biến đổi khí hậu, xây dựng kịch bản ứng phó, các giải pháp khi xảy ra các vấn đề về nước biển dâng, xâm nhập mặn, tăng cường các biện pháp kiểm soát việc khai thác tài nguyên nước, bảo vệ và sử dụng tiết kiệm nguồn nước, thực hiện các đề án nghiên cứu khoa học và áp dụng kỹ thuật công nghệ trong quản lý, khai thác và bảo vệ tài nguyên nước. Đối với An Giang, ông Huỳnh Văn Thái, Trưởng phòng Khoáng sản và Tài nguyên nước (Sở Tài nguyên và Môi trường) cho biết: “An Giang cũng đang nâng cao năng lực dự báo, ứng phó hạn hán, xâm nhập mặn, sạt lở bờ sông, thực hiện dự án tăng cường khả năng thích ứng và quản lý nước cho vùng thượng nguồn sông Cửu Long, xây dựng hệ thống dữ liệu về khí tượng thủy văn, xây dựng công trình thủy lợi trọng điểm đảm bảo phát triển sản xuất vùng núi và công trình thoát lũ vùng Tứ giác Long Xuyên, trồng rừng phòng hộ đầu nguồn, thực hiện dự án “Giảm nhẹ rủi ro thảm họa dựa vào cộng đồng gắn với biến đổi khí hậu”, thành lập các khu bảo tồn sinh cảnh, khu bảo vệ cảnh quan kết hợp với sử dụng hợp lý tài nguyên thiên nhiên…”