Không nên sử dụng phân chuồng tươi để bón trực tiếp cho cây vì một số lý do chính sau:

+ Do bản chất phân chuồng là hỗn hợp phân và nước giải do gia súc bài tiết ra cùng với chất độn chuồng và thức ăn thừa của giai súc. Rất dễ phát sinh ra mùi, chủ yếu là H2S, NH3, NO2. Nếu những chất này không được giải phòng bằng cách ủ phân cho hoai mục thì khi bón vào cây sẽ phát sinh ra hiện tượng axit hóa, gây chua đất.

+ Phân chuồng sau khi động vật thải ra còn rất nhiều hợp chất hữu cơ đang phân hủy dở từ đường ruột của động vật. Khi bón vào đất, trong môi trường kỵ khí (thiếu oxy), các hợp chất này liên tục phân hủy bởi các vi sinh vật sinh ra nhiều axit hữu cơ và khí độc. Điều này góp phần làm đất chưa và gây ngộ độc hữu cơ cho cây trồng.