Công nghiệp là một trong những ngành kinh tế quan trọng nhất Nhật Bản. Trong công nghiệp, các ngành được ưa chuộng và phát triển nhất bao gồm: đóng tàu, điện tử, sản xuất đồ gia dụng, sản xuất ô tô và kim loại màu. Từ những năm cuối thế kỉ 20, ngành công nghiệp của Nhật đã phát triển rõ rệt. Bước sang thế kỉ 21, công nghiệp Nhật Bản luôn thay đổi. Các khu công nghiệp lớn tập trung ở Vành đai Thái Bình Dương bao gồm: Keihin (Ở vùng đồng bằng Kanto), Chukyo (Tập trung quanh Nagoya), Hanshin (Osaka), Setouchi (Bao quanh Hiroshima) và Kitakyushu (Bao quanh Kitakyushu và Fukuoka). Trong đó, vùng Keihin là quan trọng nhất và chiếm 42% sản lượng công nghiệp Nhật Bản. Vùng này có nhiều ngành công nghiệp truyền thống như hóa dầu, thép và sản xuất ô tô. Đồng thời đây cũng có ngành dệt may. Song hành cùng các ngành truyền thống là những khu công nghiệp điện tử và công nghệ cao. Các công ty có trụ sở ở đây bao gồm: NEC, Hitachi, Canon, Intel và Sanyo.[18]

Các khu công nghiệp còn lại là Chukyo, Hanshin, Setouchi và Kita-Kyushu. Trong đó, các khu Chukyo, Hanshin và Setouchi chủ yếu là các ngành công nghiệp truyền thống như: dầu mỏ, dệt may, in ấn và sắt thép. Còn Kita-Kyushu lại là nơi có nhiều ngành công nghiệp nặng lâu đời. Trước kia, vùng này là mỏ than địa phương nằm trên đồi. Ngày nay, Kita-Kyushu là khu công nghiệp với các ngành sắt thép, đóng tàu và dầu mỏ.

Ngoài các khu công nghiệp trên, còn có nhiều khu công nghiệp khác nằm ngoài Vành đai Thái Bình Dương bao gồm một số khu công nghiệp nhỏ nằm ở phía bắc Kanto và nằm ven bờ biển Nhật Bản như khu Hokuriku (Nằm ở Niigata và Nagano, Chubu).