Mối quan hệ giữa độc lập, tự chủ và chủ động hội nhập quốc tế đã đạt được nhất trí cao trong nhận thức và trong triển khai đường lối đổi mới ở nước ta. Về cơ bản, mối quan hệ đó là quan hệ nguyên nhân và kết quả và có tính bổ sung cho nhau, không triệt tiêu lẫn nhau, thể hiện qua một số khía cạnh chính sau: 
Thứ nhất, độc lập, tự chủ là điều kiện tiên quyết cho hội nhập quốc tế hiệu quả. Hiệu quả của hội nhập quốc tế được đo bằng mức độ đóng góp cho các mục tiêu độc lập tự chủ về an ninh, phát triển và vị thế của đất nước. Độc lập, tự chủ là cơ sở cơ bản để được cộng đồng quốc tế thừa nhận và bảo đảm cho hội nhập hiệu quả. 
Thứ hai, độc lập, tự chủ quyết định bước đi hội nhập quốc tế. Điều này thể hiện mối quan hệ giữa quyết định chủ quan trước xu thế khách quan: trong khi toàn cầu hoá là khách quan, việc các nước quyết định mức độ, phạm vi và lộ trình hội nhập là thuộc yếu tố chủ quan nằm trong chủ quyền của từng nước. 
Thứ ba, hội nhập quốc tế có tác động trở lại đối với độc lập, tự chủ. Hội nhập quốc tế không làm suy giảm độc lập, tự chủ nhưng làm thay đổi nội hàm và phương cách bảo đảm độc lập, tự chủ. Hội nhập quốc tế là quá trình “đánh đổi,” chuyển giao và tiếp nhận. Trong quá trình tham gia hội nhập quốc tế, các quốc gia chủ động và tự nguyện chuyển nhượng một phần quyền lực của mình cho thể chế hội nhập, cho thị trường. Đổi lại, quốc gia có quyền tham gia vào các quyết định ở tầm cao hơn, rộng hơn, trên quy mô khu vực và toàn cầu. Hội nhập quốc tế mang lại cho quốc gia vị thế mới, công cụ mới để giữ vững độc lập, tự chủ.