Tại kinh đô Phú Xuân, Quang Trung lo củng cố nội trị, xây dựng một vương triều mạnh, một bộ máy chính quyền chặt chẽ và có năng lực. Ông thiết lập đơn vị hành chính có trấn rồi đến phủ, huyện, dưới là tổng và xã. Trước tình hình chính trị còn phức tạp ở Bắc Hà, Quang Trung đổi Thăng Long làm Bắc Thành là trị sở của một đơn vị hành chính đặc biệt gồm cả 11 trấn với quyền hạn khá lớn. Ngoài các tướng lĩnh của quân đội Tây Sơn, Quang Trung đã sử dụng nhiều quan lại của chính quyền cũ và ra sức thu nạp nhân tài, trọng dụng các sĩ phu, ban Chiếu hiệu dụ các quan văn võ triều cũ, chiếu cầu hiền. Nhiều trí thức tài năng đã trở thành những quan lại trung thành của vương triều mới như Trần Văn Kỷ, Ngô Thì Nhậm, Phan Huy Ích, Nguyễn Thiếp...
Quân đội và quốc phòng được Quang Trung đặc biệt quan tâm. Đó là lực lượng quân sự hùng hậu gồm bộ binh, kỵ binh, tượng binh, pháo binh và thủy binh được tổ chức quy củ, trang bị tốt, có sức chiến đấu cao. Nhờ vậy, Quang Trung đã trấn áp thành công các thế lực chống đối của một số cựu thần nhà Lê ở Bắc Hà.
Với bộ máy chính quyền hùng mạnh, Quang Trung đã thực thi nhiều chính sách cải cách về kinh tế, xã hội, văn hóa, giáo dục theo hướng khắc phục hậu quả chiến tranh, phục hồi kinh tế, ổn định trật tự xã hội...Việc ban hành các chiếu cầu hiền, chiếu lập học, chiếu khuyến nông, chiếu mở khoa thi, chiếu dụ các quan văn võ của triều cũ, thành lập Quốc sử quán năm 1790 nhằm cung cấp kiến thức lịch sử - văn hóa cho toàn dân và thành lập Viện Sùng Chính năm 1791 phụ trách giáo dục, biên soạn dịch chú các bộ Tiểu học, tứ thư, ngũ kinh ra chữ Nôm...đã mở ra một thời kỳ mới của lịch sử Việt Nam nói chung và Phú Xuân nói riêng.
Trong thời gian ngắn ngủi 4 năm kể từ khi lên ngôi hoàng đế sáng lập vương triều cho đến khi từ trần, công cuộc canh tân dựng nước cùng với những hoài bão lớn lao của Quang Trung chưa được thực hiện đầy đủ và chưa phát huy hết tác dụng nhưng đã cho thấy tầm vóc, tài năng, ý chí của hoàng đế Quang Trung. Tài năng của Quang Trung bao quát trên nhiều mặt nhưng lĩnh vực tỏa sáng nhất là quân sự. Ông đã đưa tư tưởng và nghệ thuật quân sự Việt Nam phát triển lên một đỉnh cao mới. Tinh thần tiến công mãnh liệt, lối đánh thần tốc, bất ngờ là nét nổi bật nhất trong tư tưởng và nghệ thuật quân sự của Quang Trung - Nguyễn Huệ. Trong cuộc đời binh nghiệp của mình, từ tuổi 18 tham gia khởi nghĩa cho đến lúc từ trần ở tuổi 39, Nguyễn Huệ chỉ có thắng, chưa hề bại và ghi vào sử sách nhiều chiến công chói lọi.
Từ năm 1789 đến năm 1801, Phú Xuân là kinh đô đầu tiên của nước Đại Việt thời Tây Sơn và là trung tâm chính trị, là nơi hội tụ nhân tài, vật lực và tinh hoa của cả đất nước. Những dấu ấn lịch sử về một vương triều đã có công phục hưng tư thế hiên ngang của quốc gia Đại Việt, với niềm kiêu hãnh “Nam quốc anh hùng chi hữu chủ” vẫn còn âm vang và tồn tại mãi trên đất Phú Xuân - Thuận Hóa xưa, Thừa Thiên Huế ngày nay; trong đó có di tích lịch sử núi Bân, phường An Tây, thành phố Huế đã được Chính phủ công nhận di tích cấp quốc gia vào năm 1988. Nơi đây mãi mãi là địa chỉ lịch sử linh thiêng, là di tích lịch sử đầy tự hào của dân tộc Việt Nam, của nhân dân tỉnh Thừa Thiên Huế và thành phố Huế.