Thuốc BVTV sau khi đước sử dụng một phần sẽ bị bay hơi; một phần được quang hóa; một phần cây sẽ hấp thu và phân giải, chuyển hóa. Tuy vậy, dù có sử dụng bằng cách nào thì cuối cùng thuốc BVTV vẫn bị ngấm vào vào đất. Nếu loại thuốc có tính độc cao sẽ giết chết rất nhiều sinh vật có lợi trong đất. Kể cả thời gian phân hủy dài thì khổng đủ thời gian để đất phân hủy hết. Đặc biệt nếu dùng lâu dài và liên tục, chắc chắn các chất độc hại sẽ bị tích lũy lại dần trong đất.

Theo đó, tồn dư thuốc BVTV trong đất sẽ gây hại cho cây trồng. Đặc biệt là nhóm Clo có trong nó cực kì khó phân hủy trong nhiều năm. Điều này dẫn đến việc lượng tồn dư khi ở lại trong đất quá lâu sẽ sinh ra một hợp chất mới. Thường sẽ có độc tính cao hơn cả bản thân nó ban đầu.

Những phần thuốc BVTV khi chưa thấm vào đất thì chảy tràn trên đồng ruộng, kênh rạch hay thông qua đất mà ngấm vào mạch nước ngầm. Chưa kể những bao bì hay lọ thuốc mà người dân vứt bỏ ngoài đồng ruộng, hay khi xục rửa các dụng cụ chứa thuốc rồi đổ ra các nguồn nước gần đó. Gây ô nhiễm nước một cách nghiêm trọng. Làm ảnh hưởng trực tiếp đến các loài động vật sống dưới nước. Đồng thời, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến đời sống, sức khỏe con người.

Thuốc bảo vệ thực vật gây ô nhiễm nguồn nước mặt cũng như nước ngầm

Theo những thống kê trong lịch sử sử dụng thuốc BVTV cho thấy, dịch hại mới không phải là từ những nơi khác di chuyển đến, mà là dịch hại thứ yếu có ngay tại địa phương đó, chỉ là chúng bị tác động và dần phát triển hơn mà thành dịch hại.

Bởi vì, thuốc bảo vệ thực vật sau một thời gian dùng thì những loài có hại chính sẽ dần suy yếu đi. Song, các vật phá hủy ở mức nhẹ trước đó lại có xu hướng phát triển, mạnh dần lên. Bởi, sau khi dùng thuốc, dịch gây hại bị giảm số lượng sinh vật trong quần thể nhanh nhưng lại phục hồi dễ dàng với số lượng lớn chỉ trong một khoảng thời gian ngắn. Từ đó, hình thành dịch nguy hiểm, gây thiệt hại nặng cho người nông dân. Những dịch bệnh nhờ vậy mà lại hình thành mới, xử lý sẽ khó hơn nhiều và cần thời gian mới nghiên cứu ra thuốc nhằm tiêu diệt chúng tận gốc.