Một là, nhận thức chung về phát triển bền vững đất nước dựa vào tiềm năng biển, đảo còn chưa sâu sắc, chưa đầy đủ. Cùng với đó, nhận thức về vai trò, vị trí của biển và kinh tế biển của các cấp, các ngành, các địa phương ven biển và người dân chưa đầy đủ, quy mô kinh tế còn nhỏ bé, chưa tương xứng với tiềm năng; cơ cấu các ngành nghề trong các lĩnh vực kinh tế biển chưa hợp lý, chưa chuẩn bị đầy đủ điều kiện để vươn ra vùng biển quốc tế. Mặt khác, việc đầu tư xây dựng các khu kinh tế ven biển còn tràn lan, thiếu trọng tâm, trọng điểm. Vẫn còn nặng tư duy khai thác tự phát, chưa thực sự coi biển là ngôi nhà chung, do vậy sống nhờ biển hơn là dựa vào biển mà giàu lên, khai thác chưa thực sự gắn liền với bảo tồn, phát triển.

Hai là, kết cấu hạ tầng các vùng biển, ven biển và hải đảo còn yếu kém, lạc hậu, manh mún, thiết bị chưa đồng bộ, nên hiệu quả sử dụng thấp, kém bền vững. Các cảng biển, các khu kinh tế, sân bay ven biển còn nhỏ bé, chưa hình thành một hệ thống kinh tế biển liên hoàn… Hiện nay, hầu như tỉnh nào ở ven biển cũng quy hoạch cảng biển, nhưng không đủ kinh phí xây dựng, nên nhiều công trình dang dở; một số địa phương xây dựng cảng nhưng không thể khai thác, sử dụng, vì tính toán không hợp lý, gây lãng phí, kém hiệu quả.

Ba là, các phương tiện, thiết bị nghiên cứu khoa học biển và hệ thống các cơ sở đào tạo nguồn nhân lực cho kinh tế biển chưa được đầu tư xứng đáng; các cơ sở quan trắc, dự báo, cảnh báo biển, thiên tai biển, các trung tâm tìm kiếm cứu hộ, cứu nạn,… ở ven biển còn nhỏ bé, trang bị thô sơ. Các phương thức quản lý biển mới, tiên tiến còn chậm được nghiên cứu áp dụng, như: quản lý tổng hợp dải ven biển, quản lý không gian biển, quy hoạch sử dụng biển chưa chú ý nghiên cứu ứng dụng công nghệ biển tiên tiến trong khai thác tài nguyên biển.

Bốn là, tình hình khai thác, sử dụng biển và hải đảo chưa đạt hiệu quả cao, thiếu bền vững do khai thác tự phát, không tuân thủ quy hoạch biển đảo. Phương thức khai thác biển chủ yếu vẫn theo hình thức sản xuất và đầu tư nhỏ, sử dụng công nghệ lạc hậu, chủ yếu là ưu tiên khai thác tài nguyên biển ở dạng vật chất, không tái tạo; chú trọng nhiều đến sản lượng, số lượng, ít chú ý đến chất lượng và lợi ích lâu dài của các dạng tài nguyên. Ngoài ra, công tác quản lý, giám sát việc khai thác nguồn lợi biển còn nhiều yếu kém. Sự tham gia của cộng đồng địa phương vào tiến trình quản lý còn rất thụ động, chưa làm rõ vấn đề sở hữu, sử dụng đất ven biển và mặt nước biển cho người dân vùng ven biển.

Năm là, đa dạng sinh học và nguồn lợi thủy sản giảm sút. Các hệ sinh thái quan trọng bị suy thoái, bị mất và thu hẹp. Các hòn đảo có xu hướng di chuyển ra xa bờ hơn do thay đổi cấu trúc hoàn lưu ven biển, thay đổi tương tác sông biển ở các vùng cửa sông ven bờ, mất tới 60% các nơi cư trú tự nhiên quan trọng. Rừng ngập mặn mất khoảng 15.000 ha/năm, khoảng 80% rặng san hô, 50% thảm cỏ trong vùng biển Việt Nam nằm trong tình trạng rủi ro. Khoảng 100 loài có mức độ nguy cấp khác nhau và trên 100 loài đã được đưa vào Sách đỏ Việt Nam. Nguồn lợi hải sản có xu hướng giảm dần về số lượng và trữ lượng, nguồn lợi hải sản ở vùng biển gần bờ có dấu hiệu bị khai thác cạn kiệt.

Sáu là, môi trường biển bị ô nhiễm và biến đổi theo chiều hướng xấu. Ngày càng có nhiều chất thải chưa qua xử lý từ các lưu vực sông và vùng ven biển được đổ ra biển, một số khu vực ven bờ bị ô nhiễm, hiện tượng thủy triều đỏ xuất hiện ngày càng nhiều với quy mô rộng. Ngoài ra, Việt Nam cũng đang chịu tác động nặng nề của tình trạng biến đổi khí hậu và nước biển dâng, trước hết là vùng ven biển và các đảo nhỏ. Đặc biệt, việc Trung Quốc mở rộng, tôn tạo trái phép các bãi rạn san hô ở quần đảo Trường Sa và Hoàng Sa của Việt Nam thành đảo nhân tạo…, khiến cho môi trường rạn san hô ở đây bị phá hủy vĩnh viễn, nguồn lợi thủy sản suy thoái đến mức khó có thể phục hồi và nghề cá khu vực có nguy cơ đổ vỡ.