Đối với phân hoá học:  Không để lẫn các loại phân với nhau. Để nơi cao ráo thoáng mát và đựng trong chum vạị sành đậy kín hoặc bao gói bằng bao nilong

Đối với phân chuồng: bảo quản tại chuồng nuôi hoặc lấy ra ủ thành đống dùng bùn ao trát kín