Do điều kiện cơ sở hạ tầng còn nhiều khó khăn, thiếu thốn và chịu ảnh hưởng rất lớn của tập quán, thói quen lạc hậu đã tác động xấu tới môi trường sống vùng nông thôn niền núi. Điều dễ nhận thấy là người dân chưa có ý thức về bảo vệ môi trường, nên họ có hành động tuỳ tiện theo thói quen; đó là chăn nuôi gia súc thả rông, phân gia súc vương vãi xung quanh nhà và đường đi, khi gặp nắng bốc mùi, gặp mưa bị rửa trôi làm ô nhiễm nguồn nước. Hay tập quán nuôi nhốt gia súc dưới gầm sàn làm ô nhiễm nặng môi trường sống của các thành viên trong gia đình. Bên cạnh đó những hố xí tạm bợ của người dân được làm gần nhà bốc mùi hôi thối hoặc không có hố xí đi đại tiện tự do trên đồi rừng khi gặp mưa bị rửa trôi làm ô nhiễm nguồn nước sinh hoạt hoặc phát sinh ruồi muỗi gây bệnh tật.

Ngoài ra ô nhiễm môi trường nông thôn nói chung và nông thôn miền núi nói riêng còn do người dân sử dụng các loại hoá chất bảo vệ thực vật trong nông nghiệp (thuốc trừ sâu, trừ bệnh, thuốc trừ cỏ dại...) không đảm bảo an toàn; có tình trạng sau khi phun thuốc trừ sâu bệnh hoặc cỏ dại, người nông dân rửa bình bơm và đổ thuốc thừa ở bất cứ nơi nào mà không chú ý đảm bảo an toàn tới nguồn nước; bao bì, chai lọ chứa hoá chất độc hại được người dân vứt bỏ quanh nhà, quanh mương máng hoặc trên nương rẫy.....Điều đó đã làm ảnh hưởng trực tiếp tới nguồn nước sinh hoạt hàng ngày và là tiền đề phát sinh các loại bệnh tật mà người nông dân không thể nhận thấy ngay được.

Ngoài ra, tại các vùng nông thôn miền núi trên địa bàn tỉnh ta, các loại rác thải chưa được thu gom và người dân tự do vứt các loại rác thải (túi ni nông, xác động vật nuôi bị chết, các đồ dùng phế thải của gia đình…) ra môi trường xung quanh, cộng với phân gia súc, gia cầm vương vãi càng làm cho môi trường sống thêm ô nhiễm nặng. Mặt khác, làm nông nghiệp không chỉ dựa vào mấy loại cây trồng như lúa, ngô, đậu tương...mà phải chăn nuôi để tăng nguồn thu nhập và lấy phân bón cho cây trồng. Điều đó dĩ nhiên người dân phải tiếp xúc trực tiếp với phân gia súc, gia cầm. Nếu không có biện pháp nuôi nhốt, thu gom và sử lý các nguồn phân gia súc hợp lý và khoa học thì vấn đề ô nhiễm môi tường ở các vùng nông thôn miền núi hiện nay ngày càng chở nên nghiêm trọng hơn.