Trong đó một số đối tượng nuôi chủ lực như tôm có tổng diện tích 3.250ha; ngao hơn 2.000ha và nhiều loại thủy sản nuôi nước lợ khác như: cá bống bớp, cua rèm, cá diêu hồng, cá song, cá mú... được nuôi rải rác trên địa bàn các huyện: Xuân Trường, Giao Thủy, Hải Hậu, Nghĩa Hưng. Mặc dù, nghề nuôi thủy sản thời gian gần đây phát triển khá ổn định, trình độ kỹ thuật của người nuôi và mức độ thâm canh ngày càng cao nhưng do tốc độ mở rộng diện tích quá nhanh trong khi cơ sở hạ tầng chưa đáp ứng đủ, ý thức của người dân về sử dụng hóa chất, kháng sinh, quản lý vùng nuôi chưa tốt dẫn đến môi trường nước bị ô nhiễm, gây nguy cơ bùng phát dịch bệnh.