Truyện ngắn được chia thành ba phần. Phần một: từ đầu cho đến "lưới vó biến mất". Ở phần này, tác giả đi sâu vào kể vầ phân tích hai phát hiện của nhân vật Phùng. Phần hai: tiếp theo đến "giữa phá". Câu chuyện của người đàn bà hàng chài được kể tại đây. Phần ba còn lại. Tác giả nói về bức ảnh được chọn vào bộ lịch năm ấy.
Đi vào phần một của truyện là một cảnh sắc thiên nhiên đẹp thơ mộng. Phùng đã chụp được một "cảnh đất trời cho": một chiếc thuyền lòe nhòe trong sương sớm với ánh mặt trời ban mai hồng hồng. Một bức tranh mực tàu của danh họa thời cổ. Đứng trước cảnh đẹp ấy, người nghệ sĩ thấy tim mình như có gì đó "bóp thắt vào". Người nghệ sĩ cảm thấy tràn ngập niềm hạnh phúc, anh thấy được cảm xúc trong ngần của tâm hồn, cảm nhận được chân- thiện -mĩ của cuộc đời. Anh cảm thấy tâm hồn mình được thanh lọc trở nên trong trẻo và thanh khiết. Thông qua cảm xúc của nhân vật Phùng, tác giả đưa ra quan niệm về cái đẹp. Cái đẹp phải có tác dụng thanh lọc tâm hồn, hướng con người đến cái chân-thiện-mĩ, cái đẹp là đạo đức. Nhưng để hoàn thiện cho quan niệm về nghê thuật của mình, Nguyễn Minh Châu đã để nhân vật của mình chứng kiến câu chuyện về cuộc đời của người đàn bà hàng chài. Đó là một con người hiện thân cho sự lam lũ đói khổ. Từ trong chiếc thuyền đẹp như mơ kia bước ra một cặp vợ chồng. Người vợ "trạc ngoài 40", "mặt rỗ", "thân hình cao lớn thô kệch", "lưng áo bạc phếch", "gương mặt lộ rõ sự mệt mỏi sau một đêm thức trắng kéo lưới". Người đàn ông "có tấm lưng rộng", khuôn mặt "độc, dữ". Cả hai người đều là hiện thân của sự nhọc nhằn, nghèo khó của người dân hàng chài. Điểm đánh chú ý chính là cảnh bạo hành của hai con người này. Người chồng thì đánh đập người vợ dã man, người vợ thì cam chịu trận đòn. Một cảnh tượng nghiệt ngã đối lập với cái cảnh đẹp như ngư phủ của con thuyền. Chính từ cảnh tượng tàn bạo ấy, tác giả đã có thể gửi gắm thông điệp của mình. Đó là cuộc sống có nhiều nghịch lý mâu thuẫn, nếu chỉ quan sát bên ngoài hoặc ở xa thì không thể phát hiện được sự thật bên trong nó. Cái đẹp của nghệ thuật qua ống kính của người nghệ sĩ chưa thể ddue sức mạnh để làm nên đạo đức con người trong cuộc sống.
Nếu truyện ngắn chỉ dừng lại ở đây chắc chắn sẽ không đủ sức hút có thể để lại dư âm trong lòng người đọc. Chính vì thế mà những tâm sự của người đàn bà hàng chài tại tòa án huyện được viết ra. Sau khi chứng kiến cảnh bạo hành dã man bên chiếc xe tăng hỏng, Phùng đã nói với chánh án Đẩu từng là chiến hữu của anh để nhờ giúp đỡ. Người đàn bà hàng chài đã đươc chánh án Đẩu mời đến để khuyên chị li hôn với chồng. Nhưng rồi những lời tâm sự của chị đã khiến không chỉ hai chàng trai mà cả người đọc cũng phải ngỡ ngàng. Vẻ đẹp tâm hồn ẩn sâu bởi cái vẻ ngoài xấu xí của người phụ nữ ấy đã khiến chánh án Đẩu và nhân vật Phùng nhận ra được nhiều điều. Mặc dù bị đánh đập dã man "ba ngày một trận nặng, năm ngày một trận nhẹ" nhưng người phụ nữ vẫn quyết không bỏ chồng. Vì chị thương con, muốn đàn con được ăn no. Vì thương chồng vất vả mà không giúp gì được nên chịu đòn mong có thể san sẻ được với chồng. Rồi chị tự nhận lỗi về mình, chị biết ơn chồng mình. Chị chắt chiu những hạnh phúc nhỏ nhoi "trên thuyền cũng có lúc sống vui vẻ hạnh phúc". Vẻ đẹp của người đàn bà hàng chài đã đem đến cho người đọc một thông điêp, một triết lý. Đó là phải nhìn mọi việc một cách toàn diện. Nghệ thuật bắt nguồn từ cuộc sống thì cũng phải gắn liền vời cuộc sống.
Kết thúc câu truyện, tác giả nhắc lại về bức ảnh chụp của nghệ sĩ Phùng nhằm nhấn mạnh sức ảnh hưởng của nó. Câu chuyện của người đàn bà hàng chài đã đi sâu vào tiềm thức của Phùng như một trải nghiệm mà mỗi khi nhìn vào bức ảnh anh lại nhớ đến nó.
Với cách xây dựng tình huồng truyện đọc đáo, mới lạ, mang ý nghĩa khám phá, phát hiện về cuộc đời, và cách trao ngòi bút cho nhân vật kể chuyện( nhân vật Phùng), "Chiếc thuyền ngoài xa" đã để lại ấn tượng sâu đậm. Thành công của Nguyễn Minh Châu đã đem đến cho người đọc một tác phẩm đầy tính triết lý và chiêm nghiệm về cuộc đời, con người và cả nghệ thuật. Những triết lý luôn đúng với mọi thời đại.