Trong giai đoạn từ năm 1885 - 1888, phong trào Cần Vương đặt dưới sự chỉ huy của ai?

Sau khi nhà Nguyễn ký Hòa ước Giáp Thân 1884, Đại Nam chính thức bị mất đi độc lập, bị chia cắt thành 3 miền và trở thành thuộc địa của Pháp ở Đông Nam Á. Nhưng phái chủ chiến trong triều đình và các địa phương, đứng đầu là Tôn Thất Thuyết và Nguyễn Văn Tường vẫn mưu khôi phục, xây dựng lực lượng, đưa Nguyễn Phúc Ưng Lịch lên ngôi vua (vua Hàm Nghi). Những hành động của phái chủ chiến khiến cho Pháp lo lắng và tìm cách tiêu diệt phái này.

Trước sự uy hiếp đó, Tôn Thất Thuyết quyết định ra tay trước giành thế chủ động. Đêm mùng 4 tháng 7 năm 1885, quân Phấn nghĩa của Tôn Thất Thuyết mở trận phản công ở Kinh thành Huế nhưng sau đó bị quân Pháp đẩy lùi, triều đình Hàm Nghi lui về Quảng Trị, rồi Hà Tĩnh. Ngày 13 tháng 7, Chiếu Cần Vương được ban ra, phái chủ chiến và các thổ hào ở các địa phương khởi nghĩa hưởng ứng, tạo nên phong trào Cần Vương.

Các cuộc khởi nghĩa nổ ra rộng khắp và tập trung nhất ở các tỉnh đồng bằng nhưng cũng vì đó mà quân đội Pháp có thể dùng những ưu thế về hỏa lực để đàn áp các nghĩa quân. Các cuộc khởi nghĩa tiêu biểu thời kỳ này gồm có: khởi nghĩa Ba Đình, khởi nghĩa Nghệ An, khởi nghĩa Bình Định, khởi nghĩa Thái Bình, Nam Định, hoạt động của Nghĩa hội Quảng Nam...

Các thủ lĩnh tiêu biểu thời kỳ này gồm có: Mai Xuân Thưởng, Lê Trung Đình, Nguyễn Tự Tân, Nguyễn Duy Hiệu, Trần Văn Dư, Phan Thanh Phiến, Trương Đình Hội, Nguyễn Tự Tân, Lê Ninh, Phan Đình Phùng, Cao Thắng, Nguyễn Xuân Ôn, Phạm Bành, Đinh Công Tráng, Cầm Bá Thước, Nguyễn Quang Bích, Nguyễn Đức Ngữ, Hoàng Văn Thuý, Đèo Văn Thanh, Đèo Văn Trị, Cầm Văn Toa, Nguyễn Văn Giáp, Tạ Hiện, Nguyễn Thiện Thuật, Hoàng Đình Kinh...

Năm 1888, vua Hàm Nghi bị bắt, phong trào bị suy yếu. Các lực lượng nghĩa quân bị đẩy lùi về các khu vực thượng du, trung du hay vùng lau sậy rậm rạp như Hùng Lĩnh của Tống Duy Tân, Thanh Sơn của Đốc Ngữ, Rừng Già của Đề Kiều, Bãi Sậy, Hai Sông của Nguyễn Thiện Thuật, Hương Khê của Phan Đình Phùng và Cao Thắng...

Tại Hùng Lĩnh, nghĩa quân bị đẩy lùi về miền tây Thanh Hoá. Năm 1892, Tống Duy Tân bị bắt, Cao Điển trốn ra Bắc, khởi nghĩa tan rã.

Tại Bãi Sậy, tháng 7 năm 1889, Nguyễn Thiện Thuật lánh sang Trung Quốc, các căn cứ Bãi Sậy, Hai Sông lần lượt bị vỡ. Tới năm 1892 thì khởi nghĩa Bãi Sậy tan rã.

Tại vùng núi phía Bắc, khi các thủ lĩnh Đốc Ngữ bị sát hại (1892), Đề Kiều ra hàng, phong trào suy yếu và tan rã.

Sau năm 1892, phong trào giờ chỉ còn duy nhất nghĩa quân Hương Khê của Phan Đình Phùng. Cuối năm 1895, Phan Đình Phùng trúng đạn tử thương. Đến đầu năm 1896, quân Pháp và Nguyễn Thân đàn áp xong khởi nghĩa Hương Khê.

Phong trào Cần Vương là phong trào cuối cùng của ý thức hệ phong kiến trong phong trào cách mạng giải phóng dân tộc ở Việt Nam.

Ngoài ra, thời kỳ này còn có khởi nghĩa Yên Thế. Mặc dù thủ lĩnh tối cao của cuộc khởi nghĩa này là Hoàng Hoa Thám có liên quan tới phong trào Cần Vương. Nhưng cuộc khởi nghĩa vẫn được xem là khởi nghĩa nông dân tự phát. Cuộc khởi nghĩa này kéo dài tới năm 1913.