Chiến tranh Nam - Bắc triều đã gây rất nhiều tai họa cho nhân dân:

- Làng mạc, gia đình li tán, người chết rất nhiều, hàng vạn người bắt đi lính, di phu.

- Sản xuất nông nghiệp đình trệ, mùa màng bị tàn phá nặng nề, nhất là những năm có thiên tai lớn. Năm 1572, ở Nghệ An "đồng ruộng bỏ hoang, dịch tễ phát sinh, người chết đến quá nửa. Nhân dân đói khổ phiêu bạt, tan tác vào Nam ra Bắc, trong cõi Nghệ An đìu hiu, vắng tanh".

- Cùng với đó, chế độ binh dịch ngày càng đè nặng lên đời sống nhân dân.