Cùng với sự nghiệp đổi mới, trước hết là đổi mới tư duy, Đảng ta đã từng bước đổi mới về vấn đề tôn giáo và công tác tôn giáo. Trong quá trình đó, tư duy lý luận của Đảng ta về vấn đề tín ngưỡng, tôn giáo ngày càng được thể hiện một cách đầy đủ, hoàn thiện hơn theo quan điểm của chủ nghĩa Mác - Lênin, tư tưởng Hồ Chí Minh. Chính vì vậy, Đại hội lần thứ XI của Đảng chỉ rõ: "Tiếp tục hoàn thiện chính sách, pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo phù hợp với quan điểm của Đảng"1.

Thật vậy, sau 25 năm tiến hành công cuộc đổi mới đất nước, quan điểm đổi mới của Đảng ta về vấn đề tín ngưỡng, tôn giáo ngày càng phát triển hoàn thiện và đi vào cuộc sống. Bước ngoặt trong sự đổi mới tư duy lý luận của Đảng ta về vấn đề tôn giáo được đánh dấu bằng sự ra đời Nghị quyết số 24 của Bộ Chính trị ngày 16/10/1990 "Về tăng cường công tác tôn giáo trong tình hình mới”. Về nhận thức lý luận,Đảng ta đã nêu lên "3 luận đề" có tính đột phá về vấn đề tôn giáo, tín ngưỡng: Một là, tôn giáo là vấn đề còn tồn tại lâu dài; Hai là, tín ngưỡng, tôn giáo là nhu cầu tinh thần của một bộ phận nhân dân và Ba là, đạo đức tôn giáo có nhiều điều phù hợp với công cuộc xây dựng xã hội mới. Đồng thời nêu lên “3 quan điểm” đổi mới về công tác tôn giáo: Một là, công tác tôn giáo vừa quan tâm giải quyết hợp lý nhu cầu tín ngưỡng của quần chúng, vừa cảnh giác kịp thời đấu tranh chống địch lợi dụng tôn giáo phá hoại cách mạng; Hai là, nội dung cốt lõi của công tác tôn giáo là công tác vận động quần chúng và Ba là, công tác tôn giáo là trách nhiệm của toàn bộ hệ thống chính trị. Để có được những tư tưởng đổi mới có tính "đột phá” nêu trên, Đảng ta tìm tòi, trăn trở trên cơ sở vận dụng sáng tạo chủ nghĩa Mác-Lênin, tư tưởng Hồ Chí Minh về vấn đề tôn giáo vào tình hình tôn giáo ở nước ta. Trong quá trình đổi mới, tư duy lý luận của Đảng ta về vấn đề tôn giáo tiếp tục được bổ sung, hoàn thiện trong các chỉ thị, nghị quyết tiếp theo. Chỉ thị 37 của Bộ Chính trị (2/7/1998) chỉ rõ: "Những giá trị văn hoá, đạo đức tốt đẹp của tôn giáo được tôn trọng và khuyến khích phát huy"2. Nghị quyết Hội nghị lần thứ năm Ban chấp hành Trung ương (khoá VIII) về Xây dựng nền văn hoá Việt Nam tiên tiến đậm đà bản sắc dân tộc (16/7/1998), dành quan điểm thứ 8 về “Chính sách văn hóa đối với tôn giáo", khẳng định: "Khuyến khích ý tưởng công bằng, bác ái, hướng thiện ... trong tôn giáo”3.