- Căn cứ vào thẩm quyền theo phạm vi lãnh thổ, các cơ quan nhà nước được chia thành cơ quan trung ương và cơ quan địa phương. Cơ quan trung ương là cơ quan có thẩm quyền hoạt động trên toàn lãnh thổ, cơ quan địa phương là cơ quan có thẩm quyền hoạt động chỉ trong phạm vi địa phương.

- Căn cứ vào chức năng, các cơ quan nhà nước được chia thành cơ quan lập pháp (có chức năng xây dựng pháp luật); cơ quan hành pháp (có chức năng tổ chức thực hiện pháp luật); cơ quan tư pháp (có chức năng bảo vệ pháp luật).

- Căn cứ vào thời gian hoạt động, các cơ quan nhà nước được chia thành cơ quan thường xuyên và cơ quan lâm thời. Cơ quan thường xuyên là cơ quan được thành lập để thực hiện những công việc thường xuyên của nhà nước, tồn tại thường xuyên trong bộ máy nhà nước. Cơ quan lâm thời là cơ quan được thành lập để thực hiện những công việc có tính chất nhất thời của nhà nước, sau khi thực hiện xong công việc đó nó sẽ tự giải tán, ví dụ, ủy ban sửa đổi Hiến pháp, các cơ quan bầu cử ở nước ta...

- Căn cứ vào con đường hình thành, tính chất, chức năng, các cơ quan nhà nước được chia thành cơ quan quyền lực nhà nước, cơ quan quản lí nhà nước, cơ quan xét xử, cơ quan kiểm sát. Cơ quan quyền lực nhà nước là cơ quan do nhân dân bầu ra, đại diện nhân dân để thực thi quyền lực nhà nước; cơ quan quản lí nhà nước là cơ quan được hình thành từ cơ quan quyền lực nhà nước, thực hiện chức năng quản lí, điều hành công việc hàng ngày của đất nước trong các lĩnh vực kinh tế, chính trị, văn hoá, xã hội, quốc phòng an ninh, đối ngoại; cơ quan xét xử có chức năng xét xử các vụ án; cơ quan kiểm sát có chức năng kiểm tra, giám sát việc thực hiện pháp luật, thay mặt nhà nước thực hiện quyền công tố. Hiện nay ở Việt Nam, cơ quan này chì có chức năng kiểm tra, giám sát các hoạt động tư pháp và thực hành quyền công tố.