Bên cạnh những kết quả và thành tích đã đạt được, Hà Nội vẫn còn nhiều hạn chế, yếu kém cần khắc phục. Nhiều tiềm năng, lợi thế của Thủ đô vẫn chưa được đánh giá, khai thác, phát huy đầy đủ. Tăng trưởng kinh tế chưa thực sự bền vững. Chưa hoàn thành một số mục tiêu, chỉ tiêu quan trọng Nghị quyết đã đề ra. Hà Nội chưa thể hiện rõ vai trò là trung tâm, động lực tăng trưởng và phát triển của vùng đồng bằng sông Hồng, vùng kinh tế trọng điểm Bắc Bộ và cả nước; năng lực cạnh tranh còn thấp, nhất là so với khu vực và thế giới. Hạ tầng kinh tế, xã hội phát triển chưa đáp ứng được yêu cầu; công tác quy hoạch, quản lý quy hoạch, quản lý đất đai, xây dựng, phát triển đô thị, trật tự, an toàn giao thông, bảo vệ môi trường còn hạn chế; phát triển kinh tế, xã hội, phát triển đô thị chưa toàn diện, thiếu đồng bộ; nhiều dự án lớn chậm được triển khai, gây lãng phí nguồn lực; việc quy hoạch xây dựng các đô thị vệ tinh không đạt kế hoạch.