Câu chuyện kể về một đôi vợ chồng già đã ngoài năm mươi không có con cái, trong một lần người vợ uống nước mưa trong cái sọ dừa thì liền mang thai. Sinh ra một cậu con trai có hình dáng quái dị, không tay, không chân chỉ biết lăn lóc, người ta gọi nó là Sọ Dừa.

Sọ Dừa tuy có vẻ ngoài quái dị nhưng vẫn rất ngoan ngoãn, biết chăn bò cho phú ông giúp đỡ mẹ già. Sọ Dừa đi chăn bò cho phú ông rất giỏi, còn nào con nấy căng no, phú ông rất thích. Phú ông có ba cô con gái thay nhau đưa cơm cho Sọ Dừa, hai cô chị thì khinh thường, hắt hủi Sọ Dừa, chỉ có cô út là thương người và đối đãi tử tế với Sọ Dừa. Có lần cô út nhìn thấy Sọ Dừa biến thành một chàng trai khôi ngô ngồi trên võng thổi sáo cho bò gặm cỏ. Cô đã đem lòng yêu Sọ Dừa từ đó. Đến khi Sọ Dừa xin hỏi cưới vợ, sắm đủ lễ vật theo ý của phú ông gồm: một chĩnh vàng cốm, mười tấm lụa đào, mười con lợn béo, mười vò rượu tăm, cũng chỉ có cô út đồng ý lấy Sọ Dừa.

Ngày đám cưới, Sọ Dừa với dáng hình con người cùng cô út đi ra ai nấy đều ngỡ ngàng, sửng sốt còn hai chị của cô út thì vừa tiếc, vừa ghen. Hai vợ chồng đang sống vui vẻ hạnh phúc thì Sọ Dừa thi đỗ Trạng Nguyên được vua cử đi sứ. Trước khi đi Sọ Dừa đưa cho vợ ba thứ: hòn đá lửa, con dao và hai quả trứng gà. Nhân lúc Sọ Dừa đi vắng, hai cô chị liền bày kế hãm hại cô út, cho cô út lên thuyền rồi thả xuống biển. Vợ Sọ Dừa bị cá chình ăn thì lấy dao mổ bụng cá chui ra, lạc lên đảo hoang thì lấy đá tạo ra lửa, nướng cá ăn, quả trứng nở ra đôi gà làm bạn. Đến khi Sọ Dừa đi sứ về, thuyền đi qua đảo liền nghe tiếng gà gáy " Ò ó o! Phải thuyền quan trạng rước cô tôi về". Thế là hai vợ chồng được đoàn tụ sum vầy sống hạnh phúc, còn hai người chị kia vì xấu hổ mà phải bỏ đi biệt xứ.

Câu chuyện không chỉ phản ánh những ước mơ của nhân dân trong cuộc sống đầy khó khăn mà còn đề cao giá trị chân chính của con người và tình thương đối với những người bất hạnh.