Hầu hết trường hợp do rối loạn di truyền, tức là khi sinh ra đã có. Nguyên nhân là do đột biến ở một trong các gene quy định yếu tố đông máu, thường là gene lặn nằm trên nhiễm sắc thể giới tính X, do đó bệnh máu khó đông xuất hiện nhiều ở nam giới (XY) vì chỉ cần 1 gene bệnh là có thể biểu hiện, còn ở nữ (XX) phải có 2 gene bệnh mới biểu hiện.