Có rất nhiều tác nhân có thể gây hại cho hệ tiêu hóa ở những mức độ khác nhau :
- Răng có thể bị hư hại khi trong thức ân, đó uống hay kem đánh răng thiếu chất canxi (Ca) và fluo (F). hoặc do vi khuẩn lên men nơi vết thức ăn còn dính lại tạo ra môi trường axit làm hỏng lớp men răng và ngà răng.
- Dạ dày và tá tràng có thể bị viêm loét bởi hoạt động của vi khuẩn Helicobacter pylori kí sinh ở lớp dưới niêm mạc của những cơ quan này.
- Các đoạn ruột khác nhau cũng có thể bị viêm do nhiễm độc dẫn đến rối loạn tiêu hóa và tiêu chảy. Các chất độc có thể do thức ăn ôi thiu, do vi khuẩn tả, thương hàn... hay kí sinh trùng amip tiết ra.
- Các tuyến tiêu hóa có thể bị viêm do các loại vi khuẩn, virut kí sinh gây ra. Gan có thể bị xơ (tế bào gan bị thoái hóa và thay vào đó là mô xơ phát triển) do viêm gan tiến triển, hay do tế bào gan không được cung cấp đủ chất dinh dưỡng, hoặc do tế bào gan bị đầu độc và hủy hoại bởi rượu, các chất độc khác.
- Hoạt động tiêu hóa còn có thể bị ngăn trở và giảm hiệu quả do giun sán sống kí sinh trong ruột (chúng có thể gây tắc ống mật, tắc ruột và cướp mất một phần chất dinh dưỡng của cơ thể). Các trứng giun sán thường dính trên bề mặt rau, củ không được rửa sạch và có thể sẽ lọt vào ruột khi ta ăn uống.
- Hoạt động tiêu hoá và hấp thụ có thể kém hiệu quả do ăn uống không đúng cách như :
+ Ăn vội vàng, nhai không kĩ; ăn không đúng giờ, đúng bữa ; ăn thức ăn không hợp khẩu vị hay khẩu phần ăn không hợp lí.
+ Tinh thần lúc ăn không được vui vẻ, thoải mái, thậm chí căng thẳng.
+ Sau khi ăn không được nghỉ ngơi mà phải làm việc ngay.
- Hoạt động thải phân cũng có thể gặp khó khăn (chứng táo bón) do một số nguyên nhân chủ yếu sau :
+ Ăn khẩu phần ăn không hợp lí: quá nhiều tinh bột và prôtêin nhưng lại quá ít chất xơ (có nhiều trong rau xanh).
+ Ăn uống quá nhiều chất chát (có trong ổi xanh, hồng xanh, nước trà....).

*Các biện pháp bảo vệ hệ tiêu hoá khỏi các tác nhân có hại và đảm bảo sự tiêu hoá có hiệu quả:
Vệ sinh răng miệng đúng cách sau khi ăn để bảo vệ răng và các cơ quan khác trong khoang miệng.
Ăn uống hợp vệ sinh để tránh các tác nhân gây hại cho các cơ quan tiêu hóa.
Thiết lập khẩu phần ăn hợp lí để đảm bảo đủ dinh dưỡng và tránh cho các cơ quan tiêu hóa phải làm việc quá sức.
Ăn chậm nhai kĩ : ăn đúng giờ, đúng bữa, hợp khẩu vị; tạo bầu không khí vui vẻ thoải mái khi ăn ; sau khi ăn cần có thời gian nghỉ ngơi hợp lí để sự tiêu hóa được hiệu quả.