Giữa cây Hạt trần và cây Hạt kín có những điểm phân biệt là: 
+ Cơ quan sinh dưỡng: 
- Cây hạt trần: Rễ cọc, thân gỗ, lá kim. 
- Cây hạt kín rất đa dạng: Rễ cọc, rễ chùm; thân gỗ, thân cỏ...; lá đơn, lá kép... 
+ Cơ quan sinh sản: 
- Cây hạt trần: Chưa có hoa và quả, cơ quan sinh sản là nón, hạt nằm trên lá noãn hở 
- Cây hạt kín: Có hoa , cơ quan sinh sản là hạt, hạt nằm trong quả 
- Đặc điểm quan trọng nhất: Hạt nằm trong quả (Trước đó là noãn nằm trong bầu) là một ưu thế của cây hạt kín vì nó được bảo vệ tốt hơn.