Nguyên nhân:

- Sau Hiệp ước 1884, triều đình Huế phân chia thành hai phái đối lập nhau: phái chủ hòa và phải chủ chiến do Tôn Thất Thuyết đứng đầu.

+ Phái chủ chiến luôn nuôi hi vọng giành lại chủ quyền khi có điều kiện: Tôn Thất Thuyết  ra sức xây dựng lực lượng, tích trữ lương thảo, khí giới,… đưa Ưng Lịch lên ngôi (vua Hàm Nghi).

+ Pháp quyết tâm tiêu diệt bằng được phe chủ chiến. Lấy cớ triều đình đưa vua Hàm Nghi lên ngôi mà không hỏi ý kiến, Pháp cho quân đóng ở đồn Mang Cá, tòa Khâm sứ, định bắt cóc Tôn Thất Thuyết nhưng việc không thành.

- Trước âm mưu của Pháp, Tôn Thất Thuyết quyết định nổ súng trước nhằm giành thế chủ động cho cuộc tấn công.

* Diễn biến:

- Đêm mồng 4 rạng sáng 5-7-1885, Tôn Thất thuyết hạ lệnh tấn công quân Pháp ở tòa Khâm sứ và đồn Mang Cá.

- Quân Pháp nhất thời rối loạn, sau khi củng cố tinh thần, chúng mở cuộc phản công chiếm Hoàng thành. Trên đường đi, chúng xả súng tàn sát, cướp bóc hết sức dã man, hàng trăm người dân vô tội đã bị giết hại.