1. Khó khăn trong ngành lâm nghiệp:
- Diện tích rừng giảm dần do đất hóa, chuyển mục đích sử dụng đất.
- Khó khăn trong việc quản lý rừng và phòng cháy rừng do địa hình phức tạp, diện tích rừng rộng lớn và sự khai thác trái phép.
- Thị trường gỗ bị ảnh hưởng bởi giá cả và cạnh tranh từ các nước khác.
- Công nghệ đã lạc hậu, vẫn đang thực hiện khai thác gỗ bằng phương pháp truyền thống và thủ công.

2. Thuận lợi của ngành nông nghiệp:
- Đất đai tốt cho việc trồng trọt, với nhiều loại cây trồng như điều, hạt điều, ca cao, cà phê...
- Khí hậu ấm áp và đất phù hợp cho việc nuôi trồng thủy sản như tôm, cá, ghẹ...
- Thị trường tiêu thụ nông sản ổn định và đa dạng.
- Công nghệ sản xuất và quản lý nông nghiệp đang được cải tiến và hiện đại hóa.

Vai trò của ngành nông nghiệp ở Phú Yên đóng góp rất lớn cho địa phương, tạo việc làm cho người dân, đóng góp vào nguồn thu nhập của đồng bào. Nông nghiệp cũng là một trong những ngành kinh tế chủ lực, góp phần phát triển kinh tế địa phương và quốc gia.