Rutherford, cấu trúc bên trong của các nguyên tử bao gồm hạt nhân và đám mây điện tử bay xung quanh. Trong nguyên tử trung hoà, điện tích âm của các điện tử bằng điện tích dương của nhân. Nhân nguyên tử gồm các hạt mang điện tích dương - proton và các hạt không mang điện - neutron.

Theo mô hình Rutherford-Bohr, nguyên tử có cấu tạo như sau:
1) Hạt nhân: Nguyên tử có một hạt nhân nằm ở trung tâm, chứa các hạt dương (proton) và các hạt không điện tích (neutron). Hạt nhân có khối lượng tập trung và chịu trách nhiệm cho hầu hết khối lượng của nguyên tử.
2) Vùng electron: Xung quanh hạt nhân, có các vùng electron (hoặc còn gọi là lớp electron) di chuyển theo quỹ đạo xác định. Mỗi vùng electron chứa một hoặc nhiều electron. Các electron có điện tích âm và quay xung quanh hạt nhân theo quỹ đạo cố định.
3) Quỹ đạo electron: Các electron di chuyển theo các quỹ đạo xác định, được gọi là quỹ đạo electron. Mỗi quỹ đạo có một năng lượng nhất định. Các electron có thể tồn tại ở các quỹ đạo khác nhau, tùy thuộc vào năng lượng của chúng.
4) Các mức năng lượng: Các electron có thể tồn tại ở các mức năng lượng khác nhau. Mỗi mức năng lượng tương ứng với một quỹ đạo cụ thể. Khi electron chuyển từ một mức năng lượng cao xuống một mức năng lượng thấp hơn, năng lượng được phát ra dưới dạng ánh sáng hoặc phát xạ điện tử.
   Mô hình Rutherford-Bohr đã đưa ra một cách giải thích ban đầu về cấu trúc nguyên tử và giúp hiểu rõ hơn về sự phân bố và chuyển động của electron trong nguyên tử. Tuy nhiên, mô hình này đã được phát triển và cải tiến bởi các mô hình lượng tử sau này để giải thích chính xác hơn các hiện tượng và tính chất của nguyên tử.