Ngày xưa, ở quận Cao Bình có hai vợ chồng đã lớn tuổi nhưng chưa có con. Tuy cuộc sống vất vả, nhưng họ vẫn thường xuyên giúp đỡ mọi người. Ngọc Hoàng thấy họ tốt bụng liền sai Thái tử đầu thai xuống làm con. Cậu bé sinh ra đã mồ côi cha, về sau người mẹ cũng qua đời. Cậu sống một mình ở gốc đa, dân làng thường gọi là Thạch Sanh. Khi lớn lên, Thạch Sanh được thiên thần dạy cho đủ loại võ nghệ và mọi phép thần thông.

Một hôm, có người hàn rượu là Lí Thông đi ngang qua gốc đa. Thấy Thạch Sanh có sức khỏe, hắn liền lân la đến gợi chuyện để hai người kết nghĩa anh em. Thạch Sanh đồng ý, rồi dọn về ở cùng mẹ con Lí Thông.

Trong vùng có một con chằn tinh có nhiều phép lạ, thường ăn thịt người. Quan quân đã nhiều lần diệt trừ nhưng không làm gì được. Dân làng phải lập miếu thờ, hằng năm lại nộp cho nó một mạng người. Năm ấy đến lượt nhà Lí Thông, hắn liền nghĩ kế khiến Thạch Sanh đi nộp mạng thay mình. Chiều hôm đó, Thạch Sanh đi kiếm củi về đã thấy một bàn tiệc rượu. Lí Thông liền nói:

- Đêm nay, anh phải đi canh miếu thờ. Nhưng mẻ rượu mới cất vẫn chưa xong, nên phiền em đi thay, đến sáng thì về.

Thạch Sanh chẳng nghi ngờ mà đồng ý đi ngay. Đêm ấy, Thạch Sanh đang lim dim ngủ thì chằn tinh hiện ra định vồ lấy chàng. Chàng dùng nhiều võ thuật giết chết con quái vật. Nó hiện nguyên hình là một con trăn khổng lồ. Nó chết để lại một bộ cung tên bằng vàng. Chàng chặt đầu con quái vật đem về. Lúc bấy giờ, mẹ con Lí Thông hãy còn đương ngủ. Nghe tiếng gõ cửa, tưởng Thạch Sanh về đòi mạng thì sợ hãi, van lạy rối rít. Đến khi Thạch Sanh vào nhà, kể rõ sự tình, chúng mới hoàn hồn. Lí Thông liền nghĩ ra kế lừa Thạch Sanh:

- Đấy là con vật vua nuôi. Em giết nó ắt phải chịu tội. Bấy giờ em hãy trốn đi, mọi chuyện để anh lo liệu.

Một lần nữa, Thạch Sanh chẳng chút nghi ngờ, trốn về gốc đa cũ. Còn Lí Thông thì mang đầu con quái vật đến lĩnh thưởng. Nhà vua có con gái đến tuổi lấy chồng, liền cho tổ chức lễ kén rể. Trong lễ kén rể, công chúa bị một con đại bàng khổng lồ quặp đi. Thạch Sanh nhìn thấy, liền dùng cung tên bắn nó rồi lần theo vết máu biết được hang của đại bàng. Từ ngày công chúa mất tích, nhà vua vô cùng lo lắng. Vua sai Lí Thông đi tìm và hứa gả công chúa cho. Lí Thông lo lắng, không biết làm thế nào. Sau hắn cho dân mở hội hát xướng để nghe ngóng tin tức. Tình cờ, Thạch Sanh đến xem, biết được chuyện đi cứu công chúa. Chàng nói mình biết hang của đại bàng và xin được đi cùng. Đến hang, Thạch Sanh xin xuống hang cứu công chúa, nhưng sau đó bị Lí Thông nhốt lại dưới hang. Ở đây, chàng cứu được con trai Vua Thủy Tề, được mời xuống thủy phủ chơi và tặng cho một cây đàn thần.

Sau khi trở về, Thạch Sanh bị oan hồn chằn tinh và đại bàng hãm hại, bị bắt vào ngục tối. Trong ngục, Thạch Sanh đánh đàn để bày tỏ nỗi oan khuất. Lại nói đến công chúa, sau khi trở về cung thì chẳng nói chẳng cười. Nhà vua cho hoãn việc cưới xin, tìm người chạy chữa không khỏi. Một hôm, công chúa nghe thấy tiếng đàn liền nói cười được. Nhà vua thấy lạ bèn cho gọi Thạch Sanh vào gặp. Chàng liền đem hết nỗi oan kể cho vua nghe. Lí Thông thì bị trừng trị thích đáng, còn Thạch Sanh được vua gả công chúa cho.

Thấy lễ cưới tưng bừng, hoàng tử các nước chư hầu đem quân sang đánh. Thạch Sanh đem đàn ra gảy, tiếng đàn của chàng vừa cất lên đã khiến quân sĩ mười tám nước bủn rủn chân tay xin hàng. Thạch Sanh sai nấu cơm thiết đãi, quân sĩ ăn mãi không hết niêu cơm bé xíu liền cảm ơn rồi kéo nhau về nước. Về sau, vua không có con trai nên đã truyền ngôi cho Thạch Sanh.

Xưa ở quận Cao Bình có gia đình bác tiều phu Thạch Nghĩa, vợ chồng tuổi cao mà vẫn không con. Ông bà lo buồn và ra sức làm việc nghĩa. Ông thì sửa cầu, sửa cống, khơi rãnh, đắp đường. Bà thì nấu nước cho người qua đường uống. Việc làm của gia đình họ Thạch thấu đến trời, Ngọc Hoàng cho Thái tử đầu thai xuống trần làm con nhà họ Thạch. Thạch bà thụ thai ba năm, chưa sinh con thì Thạch ông mất. Sau đó, Thạch bà sinh một con trai khôi ngô tuấn tú đặt tên là Thạch Sanh. Cách ít năm sau, Thạch bà cũng mất, Thạch Sanh sống côi cút một mình trong túp lều tranh dưới gốc đa với một mảnh khố che thân và một cái búa đốn củi.

Năm Thạch Sanh mười ba tuổi, Ngọc Hoàng sai tiên ông xuống dạy cho chàng các môn võ nghệ và mọi phép thần thông.
Một hôm có anh hàng rượu tên là Lý Thông, đi bán rượu ghé vào gốc đa nghỉ chân, thấy Thạch Sanh khỏe mạnh, lanh lợi, ở một mình, bèn kết làm anh em và đưa Thạch Sanh về nhà.
Bấy giờ ở trong vùng có một con Trăn Tinh thường bắt người ăn thịt, quan quân nhiều lần vây đánh không được. Vì nó có phép thần thông biến hóa; nhà vua phải cho lập miếu thờ và mỗi năm nộp mạng một người cho nó. Năm ấy đến lượt Lý Thông phải nộp mình. Mẹ con Lý Thông nghe tin hoảng hốt, bàn mưu tính kế đưa Thạch Sanh đi thế mạng. Khi Thạch Sanh đi lấy củi về, Lý Thông đon đả mời chàng uống rượu và nói: “Ðêm nay anh phải đi canh miếu thờ trong rừng, nhưng trót cất mẻ rượu, anh đi sợ hỏng, nhờ em thay anh canh miếu một đêm”. Thạch Sanh vui vẻ nhận lời và đi ngay.
Nửa đêm Trăn Tinh hiện về, giơ vuốt, nhe răng hà hơi, nhả lửa, định xông vào miếu ăn thịt Thạch Sanh. Thạch Sanh bình tĩnh trổ tài đánh nhau với Trăn Tinh, cuối cùng chàng chém được đầu nó, đốt xác nó thành than, và thấy hiện lên trong miếu một bộ cung tên bằng vàng ngời sáng. Thạch Sanh mừng rỡ giắt búa, đeo cung và xách đầu Trăn Tinh chạy thẳng một mạch về nhà. Nghe tiếng Thạch Sanh gọi, mẹ con Lý Thông hoảng sợ, cho là oan hồn của Thạch Sanh sau khi bị Trăn Tinh ăn thịt, trở về nhà oán trách, bèn cất lời cầu khấn, van xin: “Sống khôn, thác thiêng em hãy tạm đi, ngày mai mẹ cùng anh sẽ mua sắm vàng hương, cơm canh, cỗ bàn cúng em chu tất!”. Bấy giờ, Thạch Sanh mới biết rõ tâm địa và mưu kế của mẹ con Lý Thông nhưng chàng không giận, vẫn vui vẻ kể chuyện giết Trăn Tinh cho mẹ con họ Lý nghe. Lý Thông liền nảy ra một mưu thâm độc mới. Nó nói Trăn Tinh là báu vật nhà vua nuôi, ai giết sẽ bị tội lớn. Thạch Sanh lo sợ, Lý Thông bảo Thạch Sanh trốn đi cho an toàn, một mình y sẽ tự lo liệu thu xếp giúp cho.

Sau khi Thạch Sanh từ giã mẹ con Lý Thông trở về gốc đa xưa, Lý Thông đi ngay về Kinh, tâu vua là đã trừ được Trăn Tinh. Nhà vua vui mừng trọng thưởng và phong cho Lý Thông làm Ðô đốc quận công. Tiếp đó, nhà vua mở hội kén chồng cho con gái là công chúa Quỳnh Nga. Hội kén chồng kéo dài hàng tháng nhưng công chúa không chọn được ai vừa ý đẹp lòng. Một hôm công chúa đang dạo chơi vườn đào thì một con chim đại bàng khổng lồ khác sà xuống cắp đi. Thấy chim cắp người bay qua, Thạch Sanh giương cung bắn, đại bàng bị trúng tên vào cánh trái, nó dùng mỏ ngậm tên rút ra rồi bay tiếp về hang ổ. Thạch Sanh lần theo vết máu tìm đến cửa hang đại bàng, chàng đánh dấu cửa hang ác điểu rồi trở lại gốc đa.
Nhà vua sai Lý Thông đi tìm công chúa, tìm được thì sẽ được lấy công chúa, làm phò mã, nối ngôi vua, không tìm được phải chịu tội. Lý Thông vừa mừng, vừa lo, y lập kế mở hội hát xướng mười ngày để nghe ngóng dò la tin tức. Ðến ngày thứ mười, biết tin Lý Thông mở hội, Thạch Sanh đến thăm và kể cho Lý Thông nghe việc bắn chim đại bàng, Lý Thông mừng vui khôn xiết, hậu đãi Thạch Sanh và nhờ chàng dẫn đường đến hang Ðại bàng cứu công chúa.
Thạch Sanh dùng thang dây xuống hang gặp công chúa và đưa thuốc mê cho đại bàng uống. Công chúa hẹn ước kết duyên cùng Thạch Sanh rồi Thạch Sanh buộc dây đưa nàng lên mặt đất. Lý Thông sai quân lính đưa công chúa lên kiệu rước về cung, còn y nói dối là ở lại đánh nhau với quái vật. Sau đó, Lý Thông dùng đá lấp kín cửa hang và trở về triều đình mạo nhận công trạng. Không thấy Thạch Sanh trở về, công chúa buồn thương rầu rĩ và bặt câm, không hé môi nói nửa lời. Nhà vua buồn bã, Lý Thông cầu đảo thuốc thang khắp nơi đều vô hiệu, việc tổ chức cưới xin phải đình hoãn.
Hết liều thuốc mê, đại bàng tỉnh dậy hóa phép thần thông hãm hại Thạch Sanh, chàng dũng sĩ “mặt đỏ mày xanh”, đã dám cả gan “phá nhà, cướp vợ” của nó. Thạch Sanh dùng tài võ nghệ và phép thần thông của mình tiêu diệt được đại bàng. Nhìn lên cửa hang kín bưng không còn một khe hở nhỏ, Thạch Sanh dạo khắp hang động của đại bàng và gặp Thái tử con vua Thủy Tề đang bị yêu quái nhốt trong cũi sắt. Thạch Sanh phá tan cũi sắt giải thoát cho Thái tử. Thái tử mời Thạch Sanh về Thủy Tề gặp vua cha. Vua Thủy Tề cảm ơn và hậu đãi chàng. Trong thời gian lưu lại thủy cung, một hôm Thạch Sanh đang cùng Thái tử dạo chơi thì một con Hồ Tinh xuất hiện, biến thành một cô gái xinh đẹp để cám dỗ, mê hoặc hại chàng. Thạch Sanh bắt nó phải hiện nguyên hình là một con cáo chín đuôi và hóa phép giam nó lại. Vua Thủy Tề mời Thạch Sanh ở lại thủy cung và sẽ phong chức tước cho chàng, nhưng Thạch Sanh từ chối. Vua Thủy Tề tặng Thạch Sanh một cây đàn thần và sai sứ giả rẽ nước đưa chàng trở lại trần gian. Thạch Sanh lại về với gốc đa xưa. Vắng bóng Thạch Sanh cây đa buồn ủ ê, khi Thạch Sanh trở về cây đa lại xanh tươi như cũ. Hồn hai con quái vật bị Thạch Sanh giết (Trăn Tinh và Ðại Bàng) gặp nhau tìm cách hãm hại Thạch Sanh. Chúng vào kho châu báu của nhà vua lấy cắp vàng bạc ném vào gốc đa nơi Thạch Sanh ở. Quân lính nhà vua bắt Thạch Sanh tống ngục, nhà vua giao cho Lý Thông xử tội. Lý Thông khép Thạch Sanh vào tội tử hình để bịt đầu mối. Trong lúc bị giam trong ngục, chờ hành hình, Thạch Sanh đem đàn ra gảy. Cây đàn thần vang lên tiếng tơ, tiếng trúc, cung thảm, cung sầu; cung thì kể tội Lý Thông vong ân, bạc nghĩa, cướp công Thạch Sanh; cung thì trách nàng công chúa sai lời hẹn ước dưới hang (tích tịch tình tang, ai đem công Chúa dưới hang mà về?)…
Nghe tiếng đàn, công chúa bừng tỉnh dậy, cười cười, nói nói. Nhà vua vui mừng nghe công chúa nói rõ ngọn ngành. Lập tức nhà vua hạ lệnh tha cho Thạch Sanh và bắt Lý Thông tống ngục. Tiếp đó, vua làm lễ thành hôn cho Thạch Sanh cùng công chúa và truyền ngôi cho Thạch Sanh. Vua giao toàn quyền cho Thạch Sanh xử tội Lý Thông. Thạch Sanh tha tội cho Lý Thông, cho mẹ con họ Lý về quê quán làm ăn. Nhưng về giữa đường, trời nổi giông gió, mẹ con Lý Thông bạc ác bị sét đánh chết, Lý Thông hóa thành con bọ hung suốt đời chui rúc nơi bẩn thỉu.

Biết tin Thạch Sanh kết duyên với công chúa Quỳnh Nga và lên ngôi trị vì thiên hạ, các hoàng tử, công hầu của mười tám nước chư hầu, những người đã từng kéo đến cầu hôn công chúa không được, vô cùng ghen tức, họ kéo quân đến gây sự với Thạch Sanh và công chúa. Thạch Sanh cùng công chúa ra tiếp đãi họ một cách tử tế. Tiếng đàn thần của Thạch Sanh phân rõ lẽ thiệt hơn, phải trái, làm cho quân sĩ các nước chư hầu mềm lòng, nản chí. Kẻ nhớ mẹ nhớ cha, người thương con nhớ vợ, ai cũng muốn về và ngại việc binh đao, cuối cùng các nước chư hầu đều thuận lui binh. Thạch Sanh mời họ ăn cơm. Chàng có niêu cơm thần nhỏ bé nhưng xới bao nhiêu bát, cơm vẫn đầy lên như cũ, khiến cho các nước chư hầu càng thêm kính phục.