năm 1558, khi vào trấn thủ Thuận Hóa, Nguyễn Hoàng đã đem theo một đội quân khá hùng hậu bao gồm những người thân thích, nghĩa dũng xứ Thanh Hoa các tướng quân đội như Văn Nham, Thạch Xuyên, Tiền Trung, Tường Lộc cùng hơn 1.000 thủy quân. Đây chính là lực lượng nòng cốt của quân đội chúa Tiên trong thủa ban đầu.

Nguyễn Hoàng đã từng bước tổ chức và phát triển lực lượng quân đội một cách quy củ để bảo vệ vùng đất mới, nhưng trước hết, ông chú trọng việc thu phục lòng dân và sử dụng sức mạnh của binh dân trong việc phòng thủ nhiều vị trí xung yếu ở Thuận Hóa, và sau đó là Thuận Quảng. Đặc biệt, quan tâm phát triển về đông, hướng ra biển để khai chiếm, xác lập chủ quyền đối với các đảo ven bờ và hướng đến hai quần đảo Hoàng Sa, Trường Sa. Bản thân Nguyễn Hoàng khi vào trấn nhận đất Thuận Hóa (1558) và cả những lần sau này khi trở về Thuận Hóa (1570, 1600), đều sử dụng đường biển nên ông hiểu rõ vai trò quan trọng của các tuyến giao thông trên biển và tầm quan trọng của việc phòng thủ các cửa biển.

Vì vậy, Nguyễn Hoàng vừa chăm lo xây dựng, phát triển thủy quân, vừa tăng cường phòng vệ các cửa biển xung yếu, đồng thời chú ý ngăn chặn, tiêu diệt hải phỉ (cướp biển). “Trong bối cảnh đầy biến động của xã hội Việt Nam cuối thế kỷ XVI đầu thế kỷ XVII, Nguyễn Hoàng đã nổi lên như một nhân vật đặc biệt, ông là người có công lao to lớn trong việc ổn định và phát triển vùng đất Thuận Quảng về mọi mặt, mở rộng bờ cõi về phía nam, đặt nền móng cho sự ra đời của Ðàng Trong”, sau khi vào trấn thủ đất Thuận Hóa, rồi sau là Thuận Quảng, Nguyễn Hoàng đã tổ chức bộ máy chính quyền và ban hành, thực thi những chính sách cai trị phù hợp, bao gồm cả về chính trị, kinh tế, văn hóa, xã hội. Chính điều đó đã làm thay đổi căn bản vùng đất Thuận Quảng trên tất cả các lĩnh vực. Đây là cơ sở nền tảng để các đời chúa Nguyễn về sau thực hiện chính sách độc lập với Đàng Ngoài, hùng cứ và mở rộng đất phương Nam, tạo nên những thay đổi to lớn trong sự phát triển của lịch sử dân tộc Việt Nam.