Trong dung dịch dạ dày của người có axit clohidric với nồng độ khoảng từ 0,0001 đến 0,001 mol/l (có độ pH tương ứng là 4 và 3). Ngoài việc hòa tan các muối khó tan, axit clohidric còn là chất xúc tác cho các phản ứng thủy phân các chất gluxit (chất đường, bột) và chất protein (chất đạm) thành các chất đơn giản hơn để cơ thể có thể hấp thụ được.
Lượng axit clohidric trong dịch vị dạ dày người nhỏ hơn hoặc lớn hơn mức bình thường đều gây bệnh cho người. Khi trong dịch vị dạ dày có nồng độ axit clohidric nhỏ hơn 0,0001 mol/l (pH > 4,5), người ta mắc bệnh khó tiêu, ngược lại nồng độ lớn hơn 0,001 mol/l (pH < 3,5), người ta mắc bệnh ợ chua. Một số thuốc chữa đau dạ dày có chứa muối natri hidrocacbonat NaHCO3 (còn gọi là thuốc muối) có tác dụng trung hòa bớt axit trong dạ dày.
NaHCO3 + HCl -> NaCl + CO2 + H2O