Để xác định trình tự các nuclêôtít mạch bổ sung, ta cần biết rằng trên mạch ADN, các nuclêôtít được ghép cặp với nhau theo quy tắc: A ghép với T và G ghép với C.

Với đoạn mạch ADN đã cho: T-A-G-X-A-T-G-G-T-A

Ta có thể xác định trình tự các nuclêôtít mạch bổ sung bằng cách ghép cặp với các nuclêôtít đã cho:

- T ghép với A: T-A-G-X-A-T-G-G-T-A
- A ghép với T: T-A-G-X-A-T-G-G-T-A
- G ghép với C: T-A-G-X-A-T-G-G-T-A
- X ghép với ?
- A ghép với T: T-A-G-X-A-T-G-G-T-A
- T ghép với A: T-A-G-X-A-T-G-G-T-A
- G ghép với C: T-A-G-X-A-T-G-G-T-A
- G ghép với C: T-A-G-X-A-T-G-G-T-A
- T ghép với A: T-A-G-X-A-T-G-G-T-A
- A ghép với T: T-A-G-X-A-T-G-G-T-A

Vậy trình tự các nuclêôtít mạch bổ sung là: A-T-C-A-T-C-C-A-T