Khi đất bị ngập nước thì các khe đất bị phủ kín bởi nước. Trong nước có hàm lượng oxygen rất thấp nên không đủ cung cấp cho rễ cây hô hấp tế bào. Quá trình hô hấp tế bào ở rễ diễn ra yếu dẫn tới tế bào lông hút thiếu năng lượng để thực hiện chức năng vận chuyển nước và chất khoáng. Cây thiếu nước và chất khoáng khiến cây chết dần.