Ở Đồng Nai, có 3 hệ thống sông chính là:

1. Hệ thống sông Đồng Nai: Bao gồm sông Đồng Nai chính và các nhánh sông như sông La Ngà, sông Sài Gòn, sông Bé, sông Đồng Nai Thượng, sông Đồng Nai Hạ, sông Đồng Nai Trung, sông Đồng Nai Cao, sông Đồng Nai Đen, sông Đồng Nai Xanh, sông Đồng Nai Đỏ, sông Đồng Nai Vàng, sông Đồng Nai Trắng, sông Đồng Nai Xanh, sông Đồng Nai Đen, sông Đồng Nai Đỏ, sông Đồng Nai Vàng, sông Đồng Nai Trắng.

2. Hệ thống sông Đồng Nai - Sài Gòn: Bao gồm sông Đồng Nai và sông Sài Gòn, hai con sông này hợp lưu tại thành phố Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai.

3. Hệ thống sông Đồng Nai - Bình Thuận: Bao gồm sông Đồng Nai và sông Bình Thuận, hai con sông này hợp lưu tại huyện Tân Phú, tỉnh Đồng Nai.

Hồ lớn nhất ở Đồng Nai là Hồ Đại Ninh, nằm tại xã Đại Ninh, huyện Trảng Bom, tỉnh Đồng Nai. Hồ Đại Ninh có diện tích khoảng 3.000 ha và được tạo thành từ việc xây dựng đập trên sông Đồng Nai.