Chủ đề của bài "Phù sa quê mẹ" của Viễn Phương là tình cảm yêu thương và nhớ nhung quê hương, nơi mà người viết đã trải qua những kỷ niệm đẹp và ý nghĩa. Bài thơ thể hiện sự gắn bó mạnh mẽ của con người với quê hương, với những hình ảnh mộc mạc, đẹp đẽ của miền quê Việt Nam. Đồng thời, bài thơ cũng nhấn mạnh về ý thức bảo vệ và giữ gìn môi trường, đặc biệt là vấn đề phù sa - một vấn đề môi trường quan trọng đang ảnh hưởng đến cuộc sống của người dân nơi đây.