Thách thức lớn nhất mà các nước Đông Nam Á đối diện vào nửa sau thế kỉ XIX là sự xâm lược và chiếm đóng của các thực dân châu Âu, đặc biệt là của Pháp và Anh. Các cuộc chiến tranh và sự thống trị của các thực dân đã ảnh hưởng đến nền kinh tế, văn hóa và chính trị của các quốc gia trong khu vực.