Tháng 12/1959, Liên Tỉnh ủy miền Trung Nam Bộ triệu tập đại biểu các tỉnh Kiến Phong, Long An, Mỹ Tho, Gò Công, Bến Tre, An Giang, Kiến Tường tổ chức Hội nghị tại Hồng Ngự để bàn về biện pháp thúc đẩy phong trào cách mạnh. Hội nghị đã quyết định phát động quần chúng tại các xã, ấp khởi nghĩa.

Thực hiện chủ trương của Hội nghị Liên Tỉnh ủy, Tỉnh ủy Bến Tre đã thống nhất, kiên quyết phát động và lãnh đạo quần chúng nổi dậy và lựa chọn 3 xã Bình Khánh, Phước Hiệp, Định Thủy (huyện Mỏ Cày) làm điểm sáng chỉ đạo. Sáng 17/1/1960, Tổ hành động của xã Định Thủy đã đánh chiếm Tổng đoàn dân vệ đóng ở Định Phước, thu toàn bộ súng, đạn và mở đầu cho phong trào Đồng Khởi.

Ngày 17- 18/1/1960, cuộc khởi nghĩa đã nổ ra ở các xã Bình Khánh, Phước Hiệp và các xã khác ở trong huyện Mỏ Cày rồi lan rộng ra toàn tỉnh Bến Tre. Quần chúng nhân dân đã sử dụng gậy gộc, giáo mác, nổi trống mõ, đốt ống lói để bao vây, bức rút, bức hàng đồn bốt và phá thế kìm kẹp của địch.

Sau tuần lễ Đồng khởi, ta đã bức rút, bức hàng 20 đồn bốt, thu hàng trăm trúng; đồng thời, xây dựng được 4 đội vũ trang tuyên truyền. Mỹ – Diệm coi Bến Tre là cái “ung độc Kiến Hòa” nên đã cho quân đến phản kích. Dù lực lượng vũ trang ở tỉnh mới thành lập nhưng cũng đã khiến chúng khiếp sợ.

Ngày 25/3/1960, Mỹ – Diệm đưa hơn 1000 quân vào Bến Tre bao vây 3 xã Bình Khánh, Định Thủy, Phước Hiệp với ý định dập tắt phong trào và tiêu diệt cơ quan lãnh đạo của ta. Nhưng với sự vững vàng, mưu trí, Ban chỉ huy Đồng Khởi đã vận dụng sáng tạo nghệ thuật quân sự chiến tranh; kết hợp chặt chẽ giữa chính trị, quân sự, binh vận và đặc biệt là vận động quần chúng nhân dân liên tục kéo về thị trấn Mỏ Cày để đấu tranh trực diện khiến cho quân địch hoang mang.

Trước khí thế và tinh thần anh dũng của quân và dân ta, sau 12 ngày càn quét quân địch buộc phải rút lui.

Sau đợt thắng lợi đó, phong trào Đồng Khởi không ngừng lớn mạnh. Tỉnh ủy chủ trương mở đợt nổi dậy lần hai, bắt đầu vào ngày 23/9/1960, điểm Đồng Khởi là Châu Hòa, Châu Phú và Châu Thới. Bằng sự kết hợp giữa đấu tranh chính trị, quân sự, binh vận ta đã giành thắng lợi rực rỡ với 60 đồn địch bị san bằng, 400 tên địch bị giết, 40 xã được giải phóng.

Tính đến cuối năm 1960, ta đã giải phóng hoàn toàn 51/115 xã, 21 xã giải phóng một phần, nhân dân đã làm chủ 300/500 ấp. Hệ thống kìm kẹp của địch ở nông thôn về cơ bản bị phá vỡ. Đảng bộ Bến Tre phát triển rõ rệt, 80 xã có chi bộ với 937 đảng viên, các đoàn thể quần chúng phát triển mạnh. Tỉnh xây dựng được 2 đại đội vũ trang tập trung, ở huyện có từ 1-2 trung đội; lực lượng đấu tranh chính trị hùng mạnh tiêu biểu là “Đội quân tóc đỏ”; hơn 80.000 mẫu ruộng được chia cho dân nghèo.

Ngày 28/12/1960, Ủy ban Mặt trận dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam tỉnh Bến Tre được thành lập tại Bến Bàu, xã Mỹ Chánh, huyện Ba Tri.

Cùng với Bến Tre, nhân dân và lực lượng vũ trang ở Trung Nam Bộ, Tây Nam Bộ đã vùng lên mạnh mẽ và giành được nhiều thắng lợi to lớn. Từ thế đấu tranh chính trị là chủ yếu ta đã chuyển sang đấu tranh chính trị với vũ trang, đập tan chính quyền địch ở nông thôn, làm chủ chính quyền.

Phong trào Đồng Khởi phát triển và mở rộng nhanh chóng vào tháng 9/1960 trên khắp miền Nam từ Đông Nam Bộ, Tây Nguyên cho đến các tỉnh miền Tây, đồng bằng Khu 5. Theo chủ trương của Xứ ủy Nam Bộ, đêm 25 rạng sáng ngày 26/1/1960, lực lượng vũ trang cách mạng tấn công vào căn cứ Tua Hai (Tây Ninh) tiêu diệt và bắt sống 500 quân ngụy, giải phóng được 24 xã trong tỉnh, xóa bỏ 70% bộ máy kịp kẹp của địch ở các xã, ấp. Hòa nhịp với phong trào Đồng Khởi ở Bến Tre và Tây Ninh là các tỉnh Mỹ Tho, Trà Vinh, Bạc Liêu, Cà Mau, Châu Đốc,…