Để giải bài toán này, ta sẽ thực hiện theo các bước sau:

Bước 1: Xác định vị trí của chữ số 3 trong số có 5 chữ số.
- Chữ số 3 có thể xuất hiện ở vị trí đầu tiên hoặc ở vị trí thứ hai.
- Với mỗi trường hợp, chữ số 3 có thể xuất hiện ở vị trí thứ hai hoặc thứ ba.
- Do đó, có tổng cộng 2 cách xác định vị trí của chữ số 3.

Bước 2: Xác định vị trí của các chữ số còn lại.
- Sau khi đã xác định vị trí của chữ số 3, ta sẽ xác định vị trí của các chữ số còn lại (không tính chữ số 3).
- Các chữ số còn lại có thể điền vào các vị trí còn lại theo thứ tự từ 0 đến 8.
- Có tổng cộng 8 chữ số còn lại và 4 vị trí còn lại để điền vào.

Bước 3: Tính số cách xếp chữ số.
- Số cách xếp chữ số sẽ bằng tích số cách xác định vị trí của chữ số 3 và số cách xác định vị trí của các chữ số còn lại.
- Số cách xếp chữ số = 2 (vị trí của chữ số 3) * 8P4 (số cách xác định vị trí của các chữ số còn lại)
- Số cách xếp chữ số = 2 * 8! / (8-4)!
- Số cách xếp chữ số = 2 * 8! / 4!
- Số cách xếp chữ số = 2 * 8 * 7 * 6 * 5 = 6720

Vậy có tổng cộng 6720 số tự nhiên có 5 chữ số được lập từ các số 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 trong đó chữ số 3 có mặt đúng 2 lần và các chữ số khác có mặt đúng 1 lần.