Để tìm số bị trừ trong phép tính trừ có hiệu là 4539 và số bé nhất có 4 chữ số, ta thực hiện các bước sau:

1. Tìm số lớn nhất có 4 chữ số: 9999
2. Trừ hiệu đã cho: 9999 - 4539 = 5460

Vậy số bị trừ trong phép tính trừ đó là 5460.