Để tìm số lượng các số tự nhiên từ 1000 đến 9999 không chia hết cho 3, ta cần tìm số lượng các số chia hết cho 3 và sau đó trừ số lượng này ra khỏi tổng số các số từ 1000 đến 9999.

Số lượng các số chia hết cho 3 trong khoảng từ 1000 đến 9999 là:
- Số lượng các số chia hết cho 3 từ 1000 đến 9999 = (9999 - 1002) / 3 + 1 = 3000

Vậy số lượng các số không chia hết cho 3 trong khoảng từ 1000 đến 9999 là:
- Số lượng các số không chia hết cho 3 từ 1000 đến 9999 = 9999 - 1000 + 1 - 3000 = 7000

Do đó, có 7000 số tự nhiên từ 1000 đến 9999 không chia hết cho 3.