Để lập phương trình đường thẳng cắt trục tung tại điểm có tung độ bằng 3 và vuông góc với đường thẳng \( y = 2x + 1 \), ta thực hiện các bước sau:

1. **Xác định hệ số góc của đường thẳng vuông góc:**
- Đường thẳng \( y = 2x + 1 \) có hệ số góc \( m_1 = 2 \).
- Đường thẳng vuông góc với đường thẳng này sẽ có hệ số góc \( m_2 \) thỏa mãn \( m_1 \cdot m_2 = -1 \).
- Do đó, \( 2 \cdot m_2 = -1 \) hay \( m_2 = -\frac{1}{2} \).

2. **Lập phương trình đường thẳng:**
- Đường thẳng cần tìm có hệ số góc \( m_2 = -\frac{1}{2} \) và cắt trục tung tại điểm có tung độ bằng 3, tức là điểm (0, 3).
- Phương trình tổng quát của đường thẳng có dạng \( y = mx + b \), trong đó \( m = -\frac{1}{2} \) và \( b \) là tung độ gốc.
- Vì đường thẳng cắt trục tung tại điểm (0, 3), nên \( b = 3 \).

3. **Viết phương trình:**
- Thay \( m \) và \( b \) vào phương trình tổng quát, ta được:
\[
y = -\frac{1}{2}x + 3
\]

Vậy phương trình của đường thẳng cần tìm là:
\[
y = -\frac{1}{2}x + 3
\]