Trong chọn giống cây trồng, người ta đã sử dụng các phương pháp:

   - Gây đột biến nhân tạo:

      + Gây đột biến nhân tạo rồi chọn lọc cá thể: tạo giống lúa có tiềm năng năng suất cao như giống lúa DT10, nếp thơm TK106…; tạo giống đậu tương DT55 từ xử lí đột biến giống DT74 có thời gian sinh trưởng ngắn, chống đổ, chịu rét khá tốt, hạt to, màu vàng…

      + Phối hợp giữa lai hữu tính và phối hợp đột biến: Giống lúa A20 được tạo ra bằng lai giữa hai dòng đột biến H20 × H30.

      + Chọn giống bằng chọn lọc tế bào xôma có biến dị hoặc đột biến xôma: giống táo đào vàng được tạo ra bằng xử lí đột biến đỉnh sinh trưởng cây non của giống táo Gia Lộc cho quả to, mã đẹp, có màu vàng da cam, ăn giòn, ngọt, có vị thơm đặc trưng.

   - Lai hữu tính để tạo biến dị tổ hợp hoặc chọn lọc cá thể từ các giống hiện có:

      + Tạo biến dị tổ hợp: tạo giống lúa DT17 từ phép lai hai giống lúa DT10 × OM80 cho giống có năng suất cao, hạt gạo dài, trong, cơm dẻo.

      + Chọn lọc cá thể: giống cà chua P375 được tạo ra bằng phương pháp chọn lọc cá thể từ giống cà chua Đài Loan.

   - Tạo giống ưu thế lai (ở F1): các giống ngô lai được tạo ra như: LVN10, LVN98, HQ2000 là giống ngô dài ngày, chịu hạn, chống đổ và kháng sâu bệnh; LVN20, LVN24, LVN25 là giống lai đơn ngắn ngày, chống đổ tốt, thích hợp vụ đông xuân trên chân đất lầy thụt.

   - Tạo giống đa bội thể: giống dâu số 12 là giống dâu tam bội (3n) được lai giữa thể tứ bội (4n - giống dâu Bắc Ninh) với giống lưỡng bội (2n) cho giống có bản lá dày, màu xanh đậm, thịt lá nhiều, sức ra rễ và tỉ lệ hom sống cao.

 Trong các phương pháp chọn giống trên, phương pháp lai hữu tính vẫn được coi là phương pháp cơ bản.