Tự thụ phấn và giao phối gần đưa đến thoái hoá giống nhưng chúng vẫn được dùng trong chọn giống vì trong chọn giống người ta dùng các phương pháp này để củng cố và giữ tính ổn định của một số tính trạng mong muốn, tạo dòng thuần có các cặp gen đồng hợp, thuận lợi cho sự đánh giá kiểu gen từng dòng, phát hiện các gen xấu để loại ra khỏi quần thể.