Có hai hệ sinh thái chủ yếu trên Trái Đất đó là hệ sinh thái trên cạn và hệ sinh thái dưới nước.

    - Hệ sinh thái trên cạn bao gồm các hệ sinh thái rừng, hệ sinh thái thảo nguyên, hệ sinh thái hoang mạc, các hệ sinh thái nông nghiệp vùng đồng bằng, hệ sinh thái núi đá vôi…

    - Hệ sinh thái dưới nước gồm:

      + Hệ sinh thái nước mặn như hệ sinh thái vùng biển khơi, hệ sinh thái vùng ven bờ (rừng ngập mặn, đầm phá ven biển, rặng san hô…).

     + Hệ sinh thái nước ngọt gồm hệ sinh thái nước chảy (hệ sinh thái sông, suối), hệ sinh thái nước đứng (hệ sinh thái hồ, ao).