- Địa hình: đồi núi chiếm 80% diện tích, chạy dọc đất nước. Đồng bằng nhỏ hẹp và phân bố ven biển, đất đai khá tốt. Nhìn chung, Nhật thiếu đất trồng trọt (phải canh tác cả trên những vùng có độ dốc tới 15o).

- Sông ngòi: chủ yếu là sông nhỏ, ngắn, dốc, tập trung ở miền núi, có giá trị thủy điện.

- Bờ biển: dài (khoảng 29750km), bị chia cắt tạo thành nhiều vịnh, thuận lợi cho xây dựng hải cảng, tàu bè trú ngụ. Tại các vùng biển quanh quần đảo Nhật Bản có các dòng biển nóng và lạnh gặp nhau, tạo nêc những ngư trường lớn giàu tôm, cá....