Để tạo giống vi sinh vật người ta dùng phương pháp thích hợp nhất là gây đột biến. Đây là phương pháp rất có hiệu quả đối với vi sinh vật vì vi sinh vật sinh sản với tốc độ rất nhanh nên người ta dễ dàng phân lập được các dòng có kiểu hình mong muốn, rồi tạo dòng thuần chủng.