Những hạn chế trong quan điểm của Lamarck về cơ chế tiến hóa là:

- Chưa hiểu về nguyên nhân tiến hóa: Lamarck cho rằng sự thay đổi một cách chậm chạp và liên tục của môi trường sống là nguyên nhân phát sinh các loài mới từ một loài tổ tiên ban đầu.

- Chưa phân biệt được biến dị di truyền và không di truyền: Lamarck cho rằng mọi biến đổi trên cơ thể sinh vật đều được di truyền và tích lũy.

- Chưa hiểu về cơ chế tiến hóa: Lamarck cho rằng sinh vật luôn có khả năng chủ động thích ứng với sự thay đổi của môi trường bằng cách thay đổi tập quán hoạt động của các cơ quan, do đó không có loài nào bị đào thải.