Năm 2021, ngành nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản chiếm hơn 32% GRDP của vùng, tốc độ phát triển nhanh.

- Nông nghiệp: đóng vai trod quan trọng trong sự phát triển kinh tế của vùng

+ Cây lương thực: cung cấp hơn 55% sản lượng lúa gạo và 80% lượng gạo xuất khẩu của cả nước (2021), năng suất lúa luôn cao hơn trung bình cả nước. Lúa gạo trồng nhiều ở Kiên Giang, An Giang, Long An, Đồng Tháp, Sóc Trăng, Cần Thơ, Trà Vinh,… Vùng sản xuất gạo đặc sản với nhiều giống lúa chất lượng cao như ST 24, ST 25, nàng thơm Chợ Đào,…

+ Cây ăn quả: là vùng trồng cây ăn quả lớn nhất cả nước, chiếm hơn 33,3% diện tích cây ăn quả cả nước (2021). Trồng nhiều ở các tỉnh trong vùng, đặc biệt ở Long An, Đồng Tháp, Tiền Giang, Vĩnh Long, Hậu Giang, Cần Thơ,… Một số sản phẩm đã xây dựng được thương hiệu và được cấp chỉ dẫn địa lí như xoài cát Hòa Lộc, vú sữa Lò Rèn Vĩnh Kim (Tiền Giang), sầu riêng Ri 6 (Vĩnh Long),…

+ Cơ cấu vật nuôi đa dạng, chăn nuôi lợn, vịt phát triển mạnh với quy mô lớn.

- Lâm nghiệp: rừng chủ yếu là rừng ngập mặn với sự phong phú về hệ sinh thái, có ý nghĩa lớn trong bảo tồn và phát triển du lịch, việc khôi phục và bảo vệ rừng đang được chú trọng.

- Thủy sản: là ngành thế mạnh với sản lượng và diện tích mặt nước nuôi trồng thủy sản lớn nhất cả nước. Năm 2021, sản lượng thủy sản nuôi trồng đạt 3,41 triệu tấn, sản lượng thủy sản khai thác đạt 1,5 triệu tấn. Sản phẩm nuôi trồng chủ yếu là cá và tôm, phát triển mạnh ở các tỉnh như Cà Mau, Bạc Liêu, Sóc Trăng, An Giang, Đồng Tháp,… Các tỉnh đứng đầu về sản lượng thủy sản khai thác là Kiên Giang, Cà Mau, Bến Tre,…

Hiện nay ngành nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản đang phát triển theo hướng phát triển hàng hóa chất lượng cao, áp dụng công nghệ tiên tiến trong sản xuất lúa, kết hợp với thương mại, dịch vụ logistics nâng cao giá trị nông sản.