Cơ sở dẫn đến sự khác nhau về kiểu hình ở các cá thể ruồi giấm là:

- Mỗi loài sinh vật có hệ gene đặc trưng.

- Các cá thể cùng loài có thể mang các allele khác nhau của cùng một gene.

- Các gene khác nhau quy định các protein khác nhau, từ đó, biểu hiện thành các tính trạng khác nhau.