Từ thế kỉ XVI, sau các cuộc phát kiến địa lí, Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, sau đó là Hà Lan, Anh, Pháp,... lần lượt xâm nhập vào khu vực Đông Nam Á bằng nhiều con đường khác nhau như thương mại, tôn giáo, ngoại giao, quân sự,...

♦ Về thương mại: các nước phương Tây cử đội thuyền buôn, thành lập công ty thương mại, lập thương điểm để buôn bán với các nước Đông Nam Á.

♦ Về tôn giáo: theo chân những đoàn thuyền buôn, các giáo sĩ đến truyền bá Thiên Chúa giáo kết hợp với tìm hiểu lịch sử, văn hóa, địa lí của các nước Đông Nam Á.

♦ Về ngoại giao: chính phủ các nước phương Tây cử đại diện đến Đông Nam Á đề nghị kí kết hiệp ước thương mại hoặc xin phép cho giáo sĩ được hoạt động.

♦ Về quân sự:

- Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha và sau đó là Hà Lan, Anh lần lượt đưa quân đến xâm lược, trước tiên là khu vực Đông Nam Á hải đảo:

+ Vào thập niên 70 của thế kỉ XVI, Tây Ban Nha hoàn thành xâm lược và đặt ách cai trị lên phần lớn các đảo của Phi-líp-pin. Sau chiến tranh Tây Ban Nha - Mỹ (1898), Phi-líp-pin trở thành thuộc địa của Mỹ.

+ Hà Lan từng bước xâm chiếm phần lớn lãnh thổ In-đô-nê-xi-a từ đầu thế kỉ XVII.

+ Đầu thế kỉ XIX, Anh cũng loại bỏ các đối thủ khác để chiếm Mã Lai làm thuộc địa.

- Ở Đông Nam Á lục địa: vào cuối thế kỉ XIX, Anh chiếm Miến Điện, Pháp tấn công và hoàn thành xâm lược các nước Cam-pu-chia,Việt Nam, Lào.