Ở sinh vật nhân thực, gene phân mảnh mang lại lợi ích là:

- Làm giảm tần số đột biến có hại vì các đột biến vào vùng intron (vùng không được dịch mã) sẽ không gây ra hậu quả xấu nào đối với thể đột biến.

- Sự có mặt của intron trong phần lớn các gene ở sinh vật nhân thực có thể đã thúc đẩy sự tiến hóa của các protein có tiềm năng hữu dụng mới bằng việc gia tăng hiện tượng lặp đoạn hay sắp xếp lại vị trí của các exon trong hệ gene.