Phiên mã ngược có vai trò quan trọng đối với cả tế bào nhân thực và một số loại virus. Cụ thể:

- Đối với virus: Đối với một số loại virus có vật chất di truyền là RNA, phiên mã ngược là một phần quan trọng của chu trình lây nhiễm của chúng, giúp vật chất di truyền của virus được tích hợp vào hệ gene của tế bào chủ.

- Đối với tế bào nhân thực: Đối với tế bào nhân thực, phiên mã ngược là cơ chế giúp phục hồi các đoạn DNA lặp lại ở đầu mút của nhiễm sắc thể sau quá trình nhân đôi.